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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS新手有些问题请教，谢谢
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hx大鱼

铜虫 (小有名气)

[求助] MS新手有些问题请教，谢谢 已有1人参与

本人刚接触MS两个月，现在模拟中有很多问题费解，寸步难行，希望论坛中的前辈高手能给些指点，谢谢！
1、我现在做二氧化氮在三氧化钨上的吸附模拟，在切晶面时应该如何切，遵循什么原则，是就按着文献来，还是自己摸索不同的晶面切（这样貌似试不完），还是就把自己所希望的原子放在切面上切。
2、尝试切过后发现白色切面上的原子并不是下一步吸附二氧化氮的原子，MS认为切完胡z轴最上方的原子是要吸附的原子，怎样把想模拟吸附的原子放到吸附的位置上。
3、做二氧化氮是我从findIt中导出来的，同一种物质有好几种晶体参数，怎么选择？有一个导出来后ono角居然是63度，是不是错了。
4、能在ms上做被吸附的气体（二氧化氮），是要自己画吗？我看有的教程上就是画的（CO)这样会不准确吧，键角键长怎样设置？（我是硬画的，方法很笨）
5、添加完原子后怎样让其与其他原子形成键？用MS模拟吸附是不是就是把吸附的原子放到晶面上方，计算后看键长、能量变化、DOS、能带图从而说明他们之间是否产生了化学键。
问题很多可能也比较低级，希望前辈不吝赐教，如果有这方面的书或教程希望可以推荐，谢谢回答的前辈，麻烦您了。
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1楼 2015-05-12 15:01:00
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hx大鱼: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 太感谢您了，让我明白很多，我很希望能与您多联系，可以加一下您的QQ吗？1225746186谢谢您 2015-05-12 18:51:33
1. 实际中，三氧化钨哪个（些）晶面最容易显露，就选择这个（些）晶面。
三氧化钨晶面最外层能暴露的原子种类无非W和O两种，在MS 切面操作的时候，调节 top 的数值，即可获得不同原子暴露的切面。
2. 这个问题，不太看得懂，参照1的问题吧。
3. 二氧化氮是被吸附的物质，为什么要从FindIt中导出晶体？直接画出NO2分子，对接到晶面不就可以了么？
再说说FindIt 数据库使用的问题，同一种物质有几种晶胞参数很正常，首先你要确定自己研究的导体到底是哪种晶相的，如果有实验，可以通过XRD匹配出相应的晶体（比如用Jade软件实现）；如果没有实验数据，可以看文献里一般引用哪种晶体结构。
导出来的晶体结构，到底对不对，需要你在MS软件的Properties中，对照原始晶胞参数逐个确认，导入MS的过程中，晶体的空间群容易出错，需要特别仔细检查。
4. NO2自己画出来即可，然后 Clean 一下，做吸附模拟以前，对画出来的分子做一下几何优化即可。
5. 成键： build--bonds--calculate
模拟吸附，主要看能量变化，一般不看DOS、能带就更不会看了，你可以找类似的文献看看别人主要分析了哪些参数。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2015-05-12 16:46:33
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阿克飞顿

金虫 (正式写手)
你的findit是哪个版本
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3楼2015-05-12 19:19:17
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ncepuzy

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-05-12 16:46:33
1. 实际中，三氧化钨哪个（些）晶面最容易显露，就选择这个（些）晶面。
三氧化钨晶面最外层能暴露的原子种类无非W和O两种，在MS 切面操作的时候，调节 top 的数值，即可获得不同原子暴露的切面。
2. 这个问题，不 ...

谢谢回答~~NO2分子的参数是要根据findit中的数据画吗？
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4楼2015-05-15 13:36:23
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ncepuzy

新虫 (初入文坛)
楼主 我也是做吸附的，希望多交流
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5楼2015-05-15 13:38:08
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沐汐1998

铜虫 (正式写手)
楼主，我也是新手。请问怎样从findit中导出，到MS直接使用呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2015-05-15 14:33:40
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ncepuzy at 2015-05-15 13:36:23
谢谢回答~~NO2分子的参数是要根据findit中的数据画吗？...

findit中的数据是晶体的，NO2是单分子，直接手动画出，再几何优化即可。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
7楼2015-05-15 15:19:33
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