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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 新手测序遇到问题，向各位虫子求助
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liuli124125

铜虫 (初入文坛)

[交流] 新手测序遇到问题，向各位虫子求助

我在所测得的序列中怎么也找不到下游引物序列，是测序的问题吗还是我的PCR过程出了问题呀。我用的是菌液去测序的，引物是简并引物。问题到底在哪里，我应该怎么去解决呀。向高手们求助了，谢谢。
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1楼 2008-07-13 00:39:39
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xyklmu

至尊木虫 (知名作家)

虫眼看世界
★ ★ ★ ★
reasonspare(金币+4,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来
一般来说，测序反应很少用简并引物的。公司也不愿意接受简并引物去测序，大都是通用引物来测序的，如T3 T7 M13F M13R等。楼主始终未提及，公司是用什么引物测序的，是自己的简并引物还是通用引物？
由于下游引物的方向和测序模板是反向互补的，你可能需要在测序结果的反向互补序列中去找另一个引物。
测序之前是如何验证的？大小与预期相符？
另外，由于是兼并引物（不知道你的简并性有多高？），其在模板上的结合位点就有可能有多个。只要测出来的是你想要的东西，这个时候大可不必介意是否找到引物。
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位卑未敢忘忧国。
7楼2008-07-14 01:06:22
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superarm

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来
凭我的经验有两种可能
1.你的结果的假阳性，是单引物，就是上游引物扩增的结果
2.DNA片断一部分缺失
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与分子生物学的同仁一起遨游科学的海洋！
2楼2008-07-13 00:52:30
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xujian568

至尊木虫 (著名写手)

Count XU
★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):积极交流奖
测序的问题可能性比较大，换个公司测，或是重测。
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活着就要让人感受到你的存在。
3楼2008-07-13 10:09:57
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香菱儿

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来
你是单向测的还是双向测的？如果是单向，也可能是你的插入片段比较长没测通吧？
赞一下(10人) 回复此楼
漫洒英雄泪，相离处士家。谢慈悲剃度在莲台下。没缘法转眼分离乍。赤条条来去无牵挂。那里讨烟蓑雨笠卷单行？一任俺芒鞋破钵随缘化！
4楼2008-07-13 10:37:41
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