| 查看: 1507 | 回复: 6 | |||
oudegeshen银虫 (小有名气)
|
[求助]
在DPD Calculation设定Temperature=1.0，为什么呢？那么kBT=1.0意味着kB=1，T=1吗？ 已有1人参与
|
|
在DPD Calculation设定Temperature=1.0，为什么呢？那么kBT=1.0意味着kB=1，T=1吗？可是KB不是波尔兹曼常数吗，怎么会等于1？温度怎么会等于1？ 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
面上意见出来了
已经有17人回复
-
找导师
已经有5人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有3人回复
-
29号明天会评吗
已经有3人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有11人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有5人回复
-
我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？
已经有11人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有4人回复
chuntao118
新虫 (著名写手)
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 2590.9
- 散金: 1402
- 红花: 25
- 帖子: 1611
- 在线: 241.2小时
- 虫号: 1791567
- 注册: 2012-05-02
- 专业: 计算数学与科学工程计算
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
oudegeshen: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-05-09 11:13:46
abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2015-05-11 08:30:54
感谢参与，应助指数 +1
oudegeshen: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-05-09 11:13:46
abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2015-05-11 08:30:54
| 不是这样的，温度在模拟式要无量刚化：模拟温度=模拟体系实际温度*波尔兹曼常数/体系选定的单位能量（e）来确定的，通常我们都是将kBT作为 单位能量了（1），比如实际温度298K,能量参数选为0.155kal/mol最终的模拟温度大约是3.8，因为这里面0.155(kal/mol)/kB=78.2K, 3.8=298/78.2.,个人认为，MD，DPD,MC中的初始温度方法都是一样的。 |
2楼2015-05-08 21:04:03
oudegeshen
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 228.5
- 散金: 22
- 帖子: 146
- 在线: 21.2小时
- 虫号: 861211
- 注册: 2009-10-01
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
3楼2015-05-09 11:13:15
oudegeshen
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 228.5
- 散金: 22
- 帖子: 146
- 在线: 21.2小时
- 虫号: 861211
- 注册: 2009-10-01
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
4楼2015-05-09 11:15:11
chuntao118
新虫 (著名写手)
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 2590.9
- 散金: 1402
- 红花: 25
- 帖子: 1611
- 在线: 241.2小时
- 虫号: 1791567
- 注册: 2012-05-02
- 专业: 计算数学与科学工程计算
5楼2015-05-09 13:22:17
oudegeshen
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 228.5
- 散金: 22
- 帖子: 146
- 在线: 21.2小时
- 虫号: 861211
- 注册: 2009-10-01
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
6楼2015-05-13 09:37:00
chuntao118
新虫 (著名写手)
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 2590.9
- 散金: 1402
- 红花: 25
- 帖子: 1611
- 在线: 241.2小时
- 虫号: 1791567
- 注册: 2012-05-02
- 专业: 计算数学与科学工程计算
|
1.怎样知道我的体系的能量参数呢？ 这个一般在势能函数中会体现出来，要是L-J势的话，前面的势阱EPSION就就选择单位能量单位的依据，这个值就像前面所举例子的0.155Kal/mol. 2.我模拟时设定T=1.0（default），只是参考文献中别人这么用所以我也这么用了，但是不懂为什么。 这个原因前面已经说过了。 3.我的体系是药物分子&聚合物分子混合物，以及聚合物A&聚合物B混合物？ 对于这样的共混体系，选择主要依赖于不同分子之间的作用势的势阱来选择，你可以选择A中分子之间的作用势的势阱来作为单位能量，也可以考虑B中分子之间作用势的势阱来作为单位能量，但是不管怎么选择，一定只能以一个为为标准，其他的都通过选定的表示出来就行了。另外你可以追溯你做参考的文献，一定可以找到答案的，除非你所参考的文献的作者根本就不懂这个，只是套用别人的程序，别人的数据来糊弄人的，建议好好读读经典的教材。比如《The Art of Molecular Dynamics Simulation》、《 Introduction to Practice of Molecular Simulation 》后面这本书有专门一张是介绍DPD 的，但前面这本书李子类方法的经典。（个人观点），并且DPD就来源于MD.其实我不做DPD，只是看过DPD 的原创的文献，大概是92年的吧！ |
7楼2015-05-13 13:47:32
30