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oudegeshen银虫 (小有名气)
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在DPD Calculation设定Temperature=1.0，为什么呢？那么kBT=1.0意味着kB=1，T=1吗？ 已有1人参与
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在DPD Calculation设定Temperature=1.0，为什么呢？那么kBT=1.0意味着kB=1，T=1吗？可是KB不是波尔兹曼常数吗，怎么会等于1？温度怎么会等于1？ 谢谢！ |
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| 不是这样的，温度在模拟式要无量刚化：模拟温度=模拟体系实际温度*波尔兹曼常数/体系选定的单位能量（e）来确定的，通常我们都是将kBT作为 单位能量了（1），比如实际温度298K,能量参数选为0.155kal/mol最终的模拟温度大约是3.8，因为这里面0.155(kal/mol)/kB=78.2K, 3.8=298/78.2.,个人认为，MD，DPD,MC中的初始温度方法都是一样的。 |
2楼2015-05-08 21:04:03
oudegeshen
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6楼2015-05-13 09:37:00
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1.怎样知道我的体系的能量参数呢？ 这个一般在势能函数中会体现出来，要是L-J势的话，前面的势阱EPSION就就选择单位能量单位的依据，这个值就像前面所举例子的0.155Kal/mol. 2.我模拟时设定T=1.0（default），只是参考文献中别人这么用所以我也这么用了，但是不懂为什么。 这个原因前面已经说过了。 3.我的体系是药物分子&聚合物分子混合物，以及聚合物A&聚合物B混合物？ 对于这样的共混体系，选择主要依赖于不同分子之间的作用势的势阱来选择，你可以选择A中分子之间的作用势的势阱来作为单位能量，也可以考虑B中分子之间作用势的势阱来作为单位能量，但是不管怎么选择，一定只能以一个为为标准，其他的都通过选定的表示出来就行了。另外你可以追溯你做参考的文献，一定可以找到答案的，除非你所参考的文献的作者根本就不懂这个，只是套用别人的程序，别人的数据来糊弄人的，建议好好读读经典的教材。比如《The Art of Molecular Dynamics Simulation》、《 Introduction to Practice of Molecular Simulation 》后面这本书有专门一张是介绍DPD 的，但前面这本书李子类方法的经典。（个人观点），并且DPD就来源于MD.其实我不做DPD，只是看过DPD 的原创的文献，大概是92年的吧！ |
7楼2015-05-13 13:47:32
