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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在DPD Calculation设定Temperature=1.0，为什么呢？那么kBT=1.0意味着kB=1，T=1吗？
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oudegeshen

银虫 (小有名气)

[求助] 在DPD Calculation设定Temperature=1.0，为什么呢？那么kBT=1.0意味着kB=1，T=1吗？已有1人参与

在DPD Calculation设定Temperature=1.0，为什么呢？那么kBT=1.0意味着kB=1，T=1吗？可是KB不是波尔兹曼常数吗，怎么会等于1？温度怎么会等于1？
谢谢！
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1楼2015-05-08 00:32:12
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
oudegeshen: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-05-09 11:13:46
abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2015-05-11 08:30:54
不是这样的，温度在模拟式要无量刚化：模拟温度=模拟体系实际温度*波尔兹曼常数/体系选定的单位能量（e）来确定的，通常我们都是将kBT作为 单位能量了（1），比如实际温度298K,能量参数选为0.155kal/mol最终的模拟温度大约是3.8，因为这里面0.155(kal/mol)/kB=78.2K, 3.8=298/78.2.,个人认为，MD，DPD,MC中的初始温度方法都是一样的。
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2楼2015-05-08 21:04:03
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oudegeshen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-08 21:04:03
不是这样的，温度在模拟式要无量刚化：模拟温度=模拟体系实际温度*波尔兹曼常数/体系选定的单位能量（e）来确定的，通常我们都是将kBT作为 单位能量了（1），比如实际温度298K,能量参数选为0.155kal/mol最终的模拟温 ...

O(∩_∩)O谢谢
模拟温度为什么默认为1.0呢？按你的意思298K时，T应该设定为3.8啊？但是T的范围只能在某一个范围（没记错的话好像是0.1-3.0）。您说能量参数选0.155kal/mol,请问为什么选这个值呢？

再次感！
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3楼2015-05-09 11:13:15
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oudegeshen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-08 21:04:03
不是这样的，温度在模拟式要无量刚化：模拟温度=模拟体系实际温度*波尔兹曼常数/体系选定的单位能量（e）来确定的，通常我们都是将kBT作为 单位能量了（1），比如实际温度298K,能量参数选为0.155kal/mol最终的模拟温 ...

暂时给您5个金币，请您不要介意。
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4楼2015-05-09 11:15:11
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
oudegeshen: 金币+3, ★有帮助 2015-05-11 12:52:09
引用回帖:
4楼: Originally posted by oudegeshen at 2015-05-09 11:15:11
暂时给您5个金币，请您不要介意。...

我只是给你举个例子，这是在水分子体系下选择的，不同体系有不同的选择，要看你模拟的体系是什么体系。体系变化就会跟着变化。
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5楼2015-05-09 13:22:17
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oudegeshen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-09 13:22:17
我只是给你举个例子，这是在水分子体系下选择的，不同体系有不同的选择，要看你模拟的体系是什么体系。体系变化就会跟着变化。...

非常感谢您的指点。因为这几天我有期末考试，所以未能及时回复您。现在我还有一些疑问，如果您不介意的话还请指教。1.怎样知道我的体系的能量参数呢？2.我模拟时设定T=1.0（default），只是参考文献中别人这么用所以我也这么用了，但是不懂为什么。3.我的体系是药物分子&聚合物分子混合物，以及聚合物A&聚合物B混合物。O(∩_∩)O谢谢！
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6楼2015-05-13 09:37:00
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chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by oudegeshen at 2015-05-13 09:37:00
非常感谢您的指点。因为这几天我有期末考试，所以未能及时回复您。现在我还有一些疑问，如果您不介意的话还请指教。1.怎样知道我的体系的能量参数呢？2.我模拟时设定T=1.0（default），只是参考文献中别人这么用所 ...

1.怎样知道我的体系的能量参数呢？
这个一般在势能函数中会体现出来，要是L-J势的话，前面的势阱EPSION就就选择单位能量单位的依据，这个值就像前面所举例子的0.155Kal/mol.
2.我模拟时设定T=1.0（default），只是参考文献中别人这么用所以我也这么用了，但是不懂为什么。
这个原因前面已经说过了。
3.我的体系是药物分子&聚合物分子混合物，以及聚合物A&聚合物B混合物？
对于这样的共混体系，选择主要依赖于不同分子之间的作用势的势阱来选择，你可以选择A中分子之间的作用势的势阱来作为单位能量，也可以考虑B中分子之间作用势的势阱来作为单位能量，但是不管怎么选择，一定只能以一个为为标准，其他的都通过选定的表示出来就行了。另外你可以追溯你做参考的文献，一定可以找到答案的，除非你所参考的文献的作者根本就不懂这个，只是套用别人的程序，别人的数据来糊弄人的，建议好好读读经典的教材。比如《The Art of Molecular Dynamics Simulation》、《 Introduction to Practice of Molecular Simulation 》后面这本书有专门一张是介绍DPD 的，但前面这本书李子类方法的经典。（个人观点），并且DPD就来源于MD.其实我不做DPD，只是看过DPD 的原创的文献，大概是92年的吧！
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7楼2015-05-13 13:47:32
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