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再听雨

新虫 (初入文坛)

[求助] 厌氧氨氧化反应器分子生物学鉴定 已有1人参与

课题组培养了一个厌氧氨氧化反应器,要做微生物种群结构鉴定,把样品寄给公司,他们说他们公司细菌16S测序的引物是:
V3-V4区 Nobar_341F(CCTACGGGNGGCWGCAG)
           Nobar_805R(GACTACHVGGGTATCTAATCC
  V1-V3区   Nobar_Bac_V1F-27F AGAGTTTGATCMTGGCTCAG
            Nobar_Bac_V3R2-CAC GTATTACCGCGGCTGCTGGCAC
V4-V5区  ----
V3区     ------
V4区  Nobar_515F  GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
      Nobar_909R   GACTACHVGGGTATCTAATCC
扩增古细菌我们这边采用的是巢式PCR。两轮引物:
  第一轮是:340F:CCCTAYGGGGYGCASCAG
            1000R:GGCCATGCACYWCYTCTC
  第二轮是:349F:GYGCASCAGKCGMGAAW
            806R:GGACTACVSGGGTATCTAAT
细菌方面,一般做V3-V4区的比较多,他们认为它有一个比较好的覆盖度,如果客户有根据文献作出选择,以客户的选择为主。

我不太清楚采用V3-V4区能否覆盖里面主要的微生物厌氧氨氧化菌,哪位大神给个建议;如果我采用厌氧氨氧化菌的特征引物amx368f和amx820r,那么反应器内的其他细菌是不是还要用比如通用的引物来扩增
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初来乍到
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滴滴spring

新虫 (小有名气)

请问你用厌氧氨氧化引物扩增出来的bp是多少啊

发自小木虫Android客户端
4楼2018-08-27 12:08:42
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查看全部 4 个回答

maxiao1222

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

就用一般的细菌通用引物就可以了,厌氧氨氧化菌可以测出来的。我测过
好好学习,天天向上
2楼2015-07-07 09:47:42
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1314308002

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by maxiao1222 at 2015-07-07 09:47:42
就用一般的细菌通用引物就可以了,厌氧氨氧化菌可以测出来的。我测过

做巢式pcr时,第一步用一般细菌的通用引物,第二步用硝化或者反硝化的特殊引物,可以扩增出硝化或者反硝化的目的片段吗?谢谢指导
3楼2015-08-07 21:37:38
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