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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】请教如何用HyperChem对化合物进行几何结构优化
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peterpeter

[交流] 【求助】请教如何用HyperChem对化合物进行几何结构优化

对大家来说这是个菜鸟问题，呵呵
1. 在ISIS DRAW画好结构保存为1.skc
2. 打开HyperChem，File -- Open 1.skc
3. Build -- Add H & Model Build
4. Setup -- Molecular Mechanics... -- Method 选择 MM+ 点OK
5. Compute --  Geometry Optimization... -- 选择 Polak-Ribiere, RMS gradient of 0.1kal/(?mol) or 270 maximum cycles, In vacuo (这些都是默认出来的) 点OK 进行优化了
6. 保存 File -- save as --

请教大侠，这样子做有问题吗？是不是遗漏了什么参数设置等？？
我的所有操作原原本本都放在上面了
刚接触这个，希望详细解答为盼
谢谢啦

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-20 at 18:57 ]
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1楼 2008-07-10 16:21:18
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peterpeter

不做MM+，直接AM1或者PM3可以吗？

还有需要做compute -- molecular dynamics... 吗？
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3楼2008-07-10 22:29:16
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头头

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
peterpeter(金币+3,VIP+0):不做MM+，直接AM1或者PM3可以吗？还有需要做compute -- molecular dynamics... 吗？
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
你还没有更好的优化
最好第5步后 setup--semi …（半经验方法）--method选择AM1或者PM3-OK然后Compute --  Geometry Optimization...
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…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
2楼2008-07-10 21:14:13
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头头

木虫 (正式写手)
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
引用回帖:
Originally posted by peterpeter at 2008-7-10 22:29:
不做MM+，直接AM1或者PM3可以吗？

还有需要做compute -- molecular dynamics... 吗？

不可以！你会发现分子都变形了

那个是动力学 你如果只做分子力学优化就不必用dynamics了
赞一下(10人) 回复此楼
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
4楼2008-07-11 08:27:24
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dongping001

木虫 (正式写手)
分子结构优化一般是能量最低为指标，但要看看你的要求，如果要求严格一些，应该用量子力学从头算或者DFT，一般是先用分子力学，这种方法是以牛顿力学为原理，适合较大的分子体系，优点是速度快，你用的就是这种方法，缺点是准确度差些，之后在分子力学有化后，用量子力学半经验方法例如AM,PM3方法，如果还有疑惑，下一步用量子力学从头算方法ab initio或者dft，准确性一般可以保证。跑分子动力学也可以找到能量最低的构型，并且是所有构型中能量最低的，要比分子力学可信，但需要计算量较大时间较长。
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5楼2008-07-12 00:26:02
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