应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】请教如何用HyperChem对化合物进行几何结构优化
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 1144  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 peterpeter 的 7 个金币

peterpeter

[交流] 【求助】请教如何用HyperChem对化合物进行几何结构优化

对大家来说这是个菜鸟问题，呵呵
1. 在ISIS DRAW画好结构保存为1.skc
2. 打开HyperChem，File -- Open 1.skc
3. Build -- Add H & Model Build
4. Setup -- Molecular Mechanics... -- Method 选择 MM+ 点OK
5. Compute --  Geometry Optimization... -- 选择 Polak-Ribiere, RMS gradient of 0.1kal/(?mol) or 270 maximum cycles, In vacuo (这些都是默认出来的) 点OK 进行优化了
6. 保存 File -- save as --

请教大侠，这样子做有问题吗？是不是遗漏了什么参数设置等？？
我的所有操作原原本本都放在上面了
刚接触这个，希望详细解答为盼
谢谢啦

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-20 at 18:57 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-07-10 16:21:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

头头

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
peterpeter(金币+3,VIP+0):不做MM+，直接AM1或者PM3可以吗？还有需要做compute -- molecular dynamics... 吗？
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
你还没有更好的优化
最好第5步后 setup--semi …（半经验方法）--method选择AM1或者PM3-OK然后Compute --  Geometry Optimization...
赞一下(12人) 回复此楼
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
2楼2008-07-10 21:14:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterpeter

不做MM+，直接AM1或者PM3可以吗？

还有需要做compute -- molecular dynamics... 吗？
赞一下 回复此楼
3楼2008-07-10 22:29:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

头头

木虫 (正式写手)
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
引用回帖:
Originally posted by peterpeter at 2008-7-10 22:29:
不做MM+，直接AM1或者PM3可以吗？

还有需要做compute -- molecular dynamics... 吗？

不可以！你会发现分子都变形了

那个是动力学 你如果只做分子力学优化就不必用dynamics了
赞一下(10人) 回复此楼
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
4楼2008-07-11 08:27:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dongping001

木虫 (正式写手)
分子结构优化一般是能量最低为指标，但要看看你的要求，如果要求严格一些，应该用量子力学从头算或者DFT，一般是先用分子力学，这种方法是以牛顿力学为原理，适合较大的分子体系，优点是速度快，你用的就是这种方法，缺点是准确度差些，之后在分子力学有化后，用量子力学半经验方法例如AM,PM3方法，如果还有疑惑，下一步用量子力学从头算方法ab initio或者dft，准确性一般可以保证。跑分子动力学也可以找到能量最低的构型，并且是所有构型中能量最低的，要比分子力学可信，但需要计算量较大时间较长。
赞一下 回复此楼
5楼2008-07-12 00:26:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阳光不锈钢

金虫 (正式写手)
请问用hyperchem做MM+并AM1效果好一些，还是用hyperchem做MM+并MOPAC做AM1效果更好一些？
赞一下 回复此楼
6楼2008-07-12 09:34:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 peterpeter 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 电子信息调剂交叉学科有推荐吗 +4 jhtfeybgj 2026-04-01 6/300 2026-04-04 00:14 by 猪会飞
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 281求调剂 +10 aaawhy 2026-04-03 10/500 2026-04-03 21:42 by lbsjt
[考研] 材料与化工306分找调剂 +22 沧海轻舟e 2026-04-02 23/1150 2026-04-03 15:08 by hypershenger
[考研] 266求调剂 +3 08电气工程 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:05 by 1753564080
[考研] 309求调剂 +4 刘刘刘1231 2026-04-02 5/250 2026-04-03 12:04 by 1753564080
[考研] 282求调剂 +5 呼吸都是减肥 2026-03-31 5/250 2026-04-03 12:03 by 1753564080
[考研] 材料0856 英一数二 323 求调剂 +10 袁sy 2026-04-01 10/500 2026-04-02 19:52 by xingsh
[考研] 301求调剂 +4 细胞相关蛋白 2026-04-02 8/400 2026-04-02 16:30 by 271179835
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +8 双马尾痞老板2 2026-04-02 9/450 2026-04-02 14:45 by 5896
[考研] 348求调剂 +6 吴彦祖24k 2026-04-02 6/300 2026-04-02 14:07 by 给你你注意休息
[考研] 0805求调剂 +8 是水分 2026-03-31 8/400 2026-04-02 10:46 by guanxin1001
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +8 cs0106 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:36 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿安徽大学计算机科学与技术学硕，331分求调剂 +5 蒋昌鹏qtj 2026-04-01 5/250 2026-04-02 08:10 by fxue1114
[考研] 332求调剂 +8 Lyy930824@ 2026-03-29 8/400 2026-04-01 18:40 by 千钧澄玉宇啊
[考研] 301求调剂 +8 axibli 2026-04-01 8/400 2026-04-01 09:51 by 我的船我的海
[考研] 土木304求调剂 +3 兔突突突， 2026-03-31 3/150 2026-04-01 09:42 by JourneyLucky
[考研] 考研材料工程351分调剂 +5 整个好的 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:36 by topgun2009
[考研] 0856求调剂 +9 楒桉 2026-03-28 9/450 2026-03-31 19:06 by 暮泽12
[考研] 求收留 +8 1943443204 2026-03-28 8/400 2026-03-31 15:00 by -迷了路啊路
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭