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peterpeter

[交流] 【求助】请教如何用HyperChem对化合物进行几何结构优化

对大家来说这是个菜鸟问题,呵呵
1. 在ISIS DRAW画好结构保存为1.skc
2. 打开HyperChem,File -- Open 1.skc
3. Build -- Add H & Model Build
4. Setup -- Molecular Mechanics... -- Method 选择 MM+ 点OK
5. Compute --  Geometry Optimization... -- 选择 Polak-Ribiere, RMS gradient of 0.1kal/(?mol) or 270 maximum cycles, In vacuo (这些都是默认出来的) 点OK 进行优化了
6. 保存 File -- save as --

请教大侠,这样子做有问题吗?是不是遗漏了什么参数设置等??
我的所有操作原原本本都放在上面了
刚接触这个,希望详细解答为盼
谢谢啦

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-20 at 18:57 ]
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头头

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
peterpeter(金币+3,VIP+0):不做MM+,直接AM1或者PM3可以吗?还有需要做compute -- molecular dynamics... 吗?
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
你还没有更好的优化
最好第5步后 setup--semi …(半经验方法)--method选择AM1或者PM3-OK然后Compute --  Geometry Optimization...
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
2楼2008-07-10 21:14:13
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peterpeter

不做MM+,直接AM1或者PM3可以吗?

还有需要做compute -- molecular dynamics... 吗?
3楼2008-07-10 22:29:16
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头头

木虫 (正式写手)


suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
引用回帖:
Originally posted by peterpeter at 2008-7-10 22:29:
不做MM+,直接AM1或者PM3可以吗?

还有需要做compute -- molecular dynamics... 吗?

不可以!你会发现分子都变形了

那个是动力学 你如果只做分子力学优化就不必用dynamics了
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
4楼2008-07-11 08:27:24
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dongping001

木虫 (正式写手)

分子结构优化一般是能量最低为指标,但要看看你的要求,如果要求严格一些,应该用量子力学从头算或者DFT,一般是先用分子力学,这种方法是以牛顿力学为原理,适合较大的分子体系,优点是速度快,你用的就是这种方法,缺点是准确度差些,之后在分子力学有化后,用量子力学半经验方法例如AM,PM3方法,如果还有疑惑,下一步用量子力学从头算方法ab initio或者dft,准确性一般可以保证。跑分子动力学也可以找到能量最低的构型,并且是所有构型中能量最低的,要比分子力学可信,但需要计算量较大时间较长。
5楼2008-07-12 00:26:02
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阳光不锈钢

金虫 (正式写手)

请问用hyperchem做MM+并AM1效果好一些,还是用hyperchem做MM+并MOPAC做AM1效果更好一些?
6楼2008-07-12 09:34:39
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