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PAML branch-site 的结果分析
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TREE # 1: (((((6, 7, 8), 9), 5), (((10, 11), 12), 13, (14, (15, 16)))), (((1, 2), 3), 4), (17, (18, 19))); MP score: 83 lnL(ntime: 33 np: 38): -1035.533929 +0.000000 20..21 21..22 22..23 23..24 24..6 24..7 24..8 23..9 22..5 21..25 25..26 26..27 27..10 27..11 26..12 25..13 25..28 28..14 28..29 29..15 29..16 20..30 30..31 31..32 32..1 32..2 31..3 30..4 20..33 33..17 33..34 34..18 34..19 0.042333 0.075622 0.026519 0.008018 0.007767 0.000004 0.023339 0.007530 0.037779 0.023589 0.000004 0.000004 0.007956 0.000004 0.007935 0.016006 0.008104 0.016154 0.007906 0.016186 0.008059 0.069643 0.006258 0.008004 0.015965 0.000004 0.000004 0.034475 0.135219 0.027063 0.000004 0.032959 0.040867 4.154928 0.326513 0.269308 0.000001 4.809777 Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site). tree length = 0.71128 (((((6: 0.007767, 7: 0.000004, 8: 0.023339): 0.008018, 9: 0.007530): 0.026519, 5: 0.037779): 0.075622, (((10: 0.007956, 11: 0.000004): 0.000004, 12: 0.007935): 0.000004, 13: 0.016006, (14: 0.016154, (15: 0.016186, 16: 0.008059): 0.007906): 0.008104): 0.023589): 0.042333, (((1: 0.015965, 2: 0.000004): 0.008004, 3: 0.000004): 0.006258, 4: 0.034475): 0.069643, (17: 0.027063, (18: 0.032959, 19: 0.040867): 0.000004): 0.135219); (((((6.langur_Sen&Sve: 0.007767, 7.langur_Tob&Tfr: 0.000004, 8.Douc_langur_Pne: 0.023339): 0.008018, 9.probiscis_Nla: 0.007530): 0.026519, 5.colobus_Cgu&Can: 0.037779): 0.075622, (((10.baboon_Pcy: 0.007956, 11.mangabey_Cat: 0.000004): 0.000004, 12.rhesus_Mmu: 0.007935): 0.000004, 13.Allen_Ani: 0.016006, (14.talapoin_Mta: 0.016154, (15.patas_Epa: 0.016186, 16.vervet_Cae: 0.008059): 0.007906): 0.008104): 0.023589): 0.042333, (((1.human: 0.015965, 2.chimp_bonobo_gorilla: 0.000004): 0.008004, 3.orangutan_Ppy: 0.000004): 0.006258, 4.gibbon_Ggo: 0.034475): 0.069643, (17.squirrel_m: 0.027063, (18.tamarin_Soe: 0.032959, 19.Marmoset_Cja: 0.040867): 0.000004): 0.135219); Detailed output identifying parameters kappa (ts/tv) = 4.15493 dN/dS (w) for site classes (K=4) site class 0 1 2a 2b proportion 0.32651 0.26931 0.22149 0.18269 background w 0.00000 1.00000 0.00000 1.00000 foreground w 0.00000 1.00000 4.80978 4.80978 Naive Empirical Bayes (NEB) analysis (please use the BEB results.) Positive sites for foreground lineages Prob(w>1): 14 R 0.917 21 R 0.912 23 I 0.904 37 G 0.562 41 R 0.754 50 R 0.741 62 R 0.582 87 D 0.932 126 Q 0.728 Bayes Empirical Bayes (BEB) analysis (Yang, Wong & Nielsen 2005. Mol. Biol. Evol. 22:1107-1118) Positive sites for foreground lineages Prob(w>1): 14 R 0.859 21 R 0.858 23 I 0.853 37 G 0.510 41 R 0.710 50 R 0.704 62 R 0.564 87 D 0.869 126 Q 0.710 The grid (see ternary graph for p0-p1) w0: 0.050 0.150 0.250 0.350 0.450 0.550 0.650 0.750 0.850 0.950 w2: 1.500 2.500 3.500 4.500 5.500 6.500 7.500 8.500 9.500 10.500 Posterior on the grid w0: 0.619 0.277 0.081 0.019 0.004 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 w2: 0.031 0.089 0.125 0.133 0.128 0.118 0.108 0.098 0.089 0.081 Posterior for p0-p1 (see the ternary graph) 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.001 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.002 0.011 0.010 0.020 0.007 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.005 0.008 0.036 0.037 0.066 0.047 0.037 0.011 0.002 0.000 0.000 0.001 0.002 0.023 0.027 0.060 0.067 0.063 0.069 0.039 0.033 0.012 0.004 0.001 0.000 0.000 0.015 0.018 0.036 0.044 0.022 0.035 0.013 0.023 0.008 0.013 0.005 0.005 0.001 0.001 0.000 0.011 0.012 0.003 0.014 0.001 0.004 0.001 0.002 0.000 0.002 0.000 0.001 0.000 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 sum of density on p0-p1 = 1.000000 Time used: 3:06 根据说明文档，跑的example/lysomzyme/lsomzymeLarge.ctl，得到的结果文件如何解释？ 前景枝的dn/ds到底等于多少啊？ |
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