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请问有没有会用PAML软件的? 已有1人参与
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请熟悉PAML的高手帮帮忙啊 我用枝-位点模型在前景枝上得到几个正选择位点，可是背景枝稍微增加或减少以后，得到的正选择位点就会变化，这是怎么回事呢 另外，怎样把结果中的正选择位点map到氨基酸序列上呢，为什么我每次按提供的序号都没办法找到那些位点？ |
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zyworkgroup
新虫 (初入文坛)
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- 专业: 生物信息学
2楼2013-04-06 10:50:01
3楼2013-12-10 17:12:50
【答案】应助回帖
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看看参数是否变化，branch-site model2a的配置文件的codeml参数： noisy = 3 verbose = 0 runmode = 0 seqtype = 1 * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs CodonFreq = 2 * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table clock = 0 * 0:no clock, 1:global clock; 2:local clock; 3:TipDate aaDist = 0 * 0:equal, +:geometric; -:linear, 1-6:G1974,Miyata,c,p,v,a aaRatefile = /../wag.dat model = 2 * models for codons: * 0  ne, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branchesNSsites = 2 * 0 ne w;1:neutral;2:selection; 3:discrete;4:freqs;* 5:gamma;6:2gamma;7:beta;8:beta&w;9:betaγ * 10:beta&gamma+1; 11:beta&normal>1; 12:0&2normal>1; * 13:3normal>0 icode = 0 * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below fix_kappa = 0 * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated kappa = 3 * initial or fixed kappa fix_omega = 0 * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate omega = 1 * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs fix_alpha = 1 * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha alpha = 0 * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate) Malpha = 0 * different alphas for genes ncatG = 10 * # of categories in dG of NSsites models getSE = 0 * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates RateAncestor = 0 * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2) Small_Diff = .5e-6 * cleandata = 1 * method = 1 * 0: simultaneous; 1: one branch at a time |
4楼2013-12-17 14:51:48
