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水沫_幻影

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助啊,老师让分析差异表达基因,可是我是小白不会啊 已有1人参与

之前没接触过生物信息学这方面的知识

老师让我分析之前送出去测序返回来的数据中的差异表达基因(华大测的表达谱和转录组都测了),可是我不太会

我想问以下几点:
1.数据中blast nr为-的是不是就是没有注释的,这类基因是不是就跳过不用分析
2.数据中注释为比如skp1, putative的在总结数据时,注释信息怎么分析,看别人的文章中写注释信息写的好像都是比对出来的各种确定的蛋白,这种是不是也就忽略不分析了?
3.知道了注释信息之后怎么确定它们的functional group?总不能一个个去找吧,好多的基因啊
4.有什么软件是可以方便提取数据的吗?返回来的数据是excel格式的,感觉提取起来好像挺麻烦的额,主要是我不会额= =

小白跪求回复啊,先谢谢大神了/(ㄒoㄒ)/~~

还有希望大神能推荐几篇这方面的文献神马的
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yingheqian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
华大给你的数据里面没有差异表达的基因?那些基因功能的注释应该也是提供的啊?你直接问华大的业务员是不是给你的数据不全。一般来说,只要选差异表达基因进行验证,克隆,表达,验证功能
2楼2015-04-25 12:11:24
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qianqianhj

新虫 (初入文坛)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-07 07:47:13
楼主你现在会弄了吗?

发自小木虫Android客户端
3楼2016-09-06 23:26:47
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土豆君

银虫 (小有名气)

怎么现在只测序不分析?
爱基百客,提供专业级ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq、RIP-seq等表观技术服务
4楼2016-09-07 09:21:08
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