应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求助：我的dmol计算脚本，只能进行结构优化，不能进行态密度和能带结构等性质计算。
11/1返回列表
查看: 458  |  回复: 0
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jiguogeng

银虫 (小有名气)

[交流] 求助：我的dmol计算脚本，只能进行结构优化，不能进行态密度和能带结构等性质计算。

具体的脚本如下：
#PBS -N 1020110a
#PBS -l nodes=4:ppn=18
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=1000:00:00
##export MPI_ROOT=/opt/soft/hpmpi
##export PATH=$PATH:/opt/soft/hpmpi/bin
##export DMOL_TMP=~/scratch
##export TMPDIR=$DMOL_TMP
export MS_INSTALL_ROOT=/public/software/accelrys/Accelrys/MaterialsStudio7.0
export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3
export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/accelrys/Accelrys/LicensePack/linux/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib/32:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/public/software/accelrys/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin:$PATH
export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin
export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin
source /public/software/accelrys/Accelrys/LicensePack/etc/lp_profile

cd $PBS_O_WORKDIR
echo $PBS_O_WORKDIR  |tee   ./History.log
echo my job id is $PBS_JOBID | tee  -a  ./History.log
echo run nodes is following: | tee -a History.log
cat $PBS_NODEFILE | tee  -a History.log
echo begin time is `date` | tee -a  History.log
###EXEC=/public/software/accelrys/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
EXEC=/public/software/accelrys/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin/dmol3.exe

Inputfile=1020110a

NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
##cat $PBS_NODEFILE > /tmp/nodefile.$$
/public/software/accelrys/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin/mpiexec.hydra -f $PBS_NODEFILE  -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP $EXEC $Inputfile 2>&1 | tee -a History.log
echo end time is `date` | tee -a History.log
##rm -f /tmp/nodefile.$$
回复此楼

» 猜你喜欢
心灵所指，便是脚步前进的方向！
1楼2015-04-24 13:01:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
相关版块跳转 我要订阅楼主 jiguogeng 的主题更新
11/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭