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weleozhu

银虫 (小有名气)

[求助] 使用Sau3AI建立水稻shotgun库,但连接多次不长,求经验大神帮助 已有1人参与

我最近在构建一个水稻的shotgun亚克隆文库,质粒来源是水稻的BAC文库的一个BAC质粒,使用的是PUC19作为载体,回收的片段为7-10K,酶切质粒条件摸索得差不多了,在目的区域也有比较集中的片段,然后切胶回收后,连接到用BamHI酶切然后用NEB CIP脱磷的PUC19上,问题就出在这,连接转化后就是不见一个菌斑。  我转化的菌株是XL1-Blue,用的是电转化, 感受态效率已经经过验证,没有问题,符合建库要求。最近被这个快烦死了,都快两个月了,求求大神棒棒忙,或者改一下方案也行。问题解决了加送金币。
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weleozhu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by BAC 文库 at 2016-02-25 08:43:25
今天又看到了该帖,再次说一下我的观点。我建议你换一管新的BamHI 没切载体试一下,然后做一个NEB CIP脱磷前PUC19载体的自连实验,转化后看载体的自连率有多高。上述实验失败,有可能是载体完全没有切开,片段没法连 ...

谢谢,我现在没有再做了,马上毕业了,留下来 算是对后来人的一个经验。
4楼2016-02-25 17:29:49
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BAC 文库

新虫 (初入文坛)

盐离子浓度、载体与片段的摩尔比对连接影响很大,可以做个预连接、转化,多摸索几个梯度尝试一下。
2楼2016-01-18 17:23:56
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BAC 文库

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
weleozhu: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 后面的童鞋可以试试 2016-02-25 17:30:36
今天又看到了该帖,再次说一下我的观点。我建议你换一管新的BamHI 没切载体试一下,然后做一个NEB CIP脱磷前PUC19载体的自连实验,转化后看载体的自连率有多高。上述实验失败,有可能是载体完全没有切开,片段没法连接进去,用CIP脱磷处理后,也不存在载体自连接的情况,故转化后一个菌落都没有。以前我们实验室也碰到过这样的情况。载体酶切时适当的延长酶切的时间,连接时置入4℃冰箱,延长连接的时间。
3楼2016-02-25 08:43:25
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