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shuyuan09

木虫 (小有名气)

[求助] shelxtl 解析晶体 转换坐标 已有1人参与

审稿人提出的晶体学问题:
the five atoms N7, C18, C19, H18, H19 should be moved to(-x,y,1/2-z) to generate a completely connected php ligand,.  Then redo the refinement, remake the CIF and refresh the text, etc. All that the authors need then do is to take their new SHELXL.
这个问题怎么解决,跪求帮助。
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匿名

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感谢参与,应助指数 +1
shuyuan09: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-04-22 18:48:09
本帖仅楼主可见
2楼2015-04-22 08:50:12
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shuyuan09

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lich666 at 2015-04-22 08:50:12
要把提到的原子移动到另外一个不对称单元里,从而使配体完整。

具体怎么操作呢
选我所选,爱我所爱
3楼2015-04-22 15:56:02
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匿名

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4楼2015-04-22 16:36:53
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shuyuan09

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lich666 at 2015-04-22 16:36:53
直接上数据吧。。。...

因为有好几个晶体都是这个问题,所以请您知道我操作下,在哪个界面(xp?)用什么命令
选我所选,爱我所爱
5楼2015-04-22 16:49:56
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匿名

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精修问题可私信


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6楼2015-04-22 18:44:43
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shuyuan09

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lich666 at 2015-04-22 08:50:12
要把提到的原子移动到另外一个不对称单元里,从而使配体完整。

谢谢了
选我所选,爱我所爱
7楼2015-04-22 18:48:47
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by shuyuan09 at 2015-04-22 18:48:47
谢谢了...

在XP里面需要用到envi和sgen这两个命令。
比如说,要把C2移到C1旁边,命令如下:
envi C1  //这时软件会给出这样的话:C2 5666(对称码) ……
sgen C2 5666  //软件提示a new atom C2A has been generated类似这样的话
kill C2  //删掉原来的C2
name C2A C2  //把新生成的C2A命名为C2
file  //保存到ins
在这之后就是直接XL精几轮就OK了
8楼2015-04-23 07:55:22
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)

在XP命令行中,
1 找的相连的原子比如C88
2 用envi命令找的它旁边原子及其对冲操作代码,这个代码是一个4 digits 例如 3555
3 用sgen命令做这个对称操作,格式为:sgen c88 3555
4 用kill杀掉原来的原子,用labl 命名新原子为原来的原子名
5 用file命令保存现在的文件
退出xp, 执行XL直到数据收敛
你看我这么辛苦,你给我转点金币吧
▄︻┻┳═一................................................
9楼2015-04-23 08:17:08
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