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lawnw木虫 (小有名气)
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有奖求助：关于Build layer的问题，谢谢(已解决)
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我在用Build Vacuum Slab dialog to change the periodicity from 2D to 3D. 出现了如图1所示的问题，后来通过求助，得知要在Display style | lattice中选择Display style为Original，这样就不会出现如图1所示的顶层出现一层原子的问题。 但是，我接着用Build | Build Layers，将3个layer连接起来，结果出现了如图2所示的情形，在第一层和第二层之间又多出一层氢原子，我试着调整了Display style | lattice中选择Display style为Original，不起作用，还请高人不吝指教，如果图2不需调整，不知道会不会对接下来的Discover dynamics产生影响？ 体系解释说明 我研究的体系是这样的，第一层是氢氧化镁的(001)晶面，上面有10A的真空片层，第二层是含有吸附分子(一个有机硅烷分子)的水层，如图3，第三层则只含有水分子，相当于一个盖子，覆盖在第二层上面。我要计算的是有机硅烷在氢氧化镁表面吸附的动力学过程，使用Discover的Dynamics模块，但是在build layer时则在第一层与第二层之间出现了一层氢原子，按说它应该在第一层的最底部(从图二可以看出，第一层底部的氢原子不见了)，现在则跑到第一层和第二层之间，不知道应该如何解决，还请高手不吝指教，谢谢。 我愿拿出金币答谢帮助的高手，谢谢。 [ Last edited by lawnw on 2008-7-7 at 20:04 ] |
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2楼2008-07-07 11:26:51
lawnw
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真空片层
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By using a vacuum slab of 0.5 nm thickness, we minimize the associated error due to periodic boundary conditions ensuring that all molecules of the middle layer(s) are only influenced by the upper side of the crystal and not by its bottom. 这是我在一篇文献中看到的有关真空片层的论述，你在类似的文献中也应该能够看到，文献信息为Kornherr, A.; Nauer, G. E.; Sokol, A. A.; French, S. A.; Catlow, C. R. A.; Zifferer, G. Langmuir 2006, 22, 8036-8042.具体的你可以看看这篇文献。 |
8楼2008-07-09 14:35:52
