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lawnw

木虫 (小有名气)

[交流] 有奖求助:关于Build layer的问题,谢谢(已解决)

我在用Build Vacuum Slab dialog to change the periodicity from 2D to 3D.
出现了如图1所示的问题,后来通过求助,得知要在Display style | lattice中选择Display style为Original,这样就不会出现如图1所示的顶层出现一层原子的问题。

但是,我接着用Build | Build Layers,将3个layer连接起来,结果出现了如图2所示的情形,在第一层和第二层之间又多出一层氢原子,我试着调整了Display style | lattice中选择Display style为Original,不起作用,还请高人不吝指教,如果图2不需调整,不知道会不会对接下来的Discover dynamics产生影响?

体系解释说明

我研究的体系是这样的,第一层是氢氧化镁的(001)晶面,上面有10A的真空片层,第二层是含有吸附分子(一个有机硅烷分子)的水层,如图3,第三层则只含有水分子,相当于一个盖子,覆盖在第二层上面。我要计算的是有机硅烷在氢氧化镁表面吸附的动力学过程,使用Discover的Dynamics模块,但是在build layer时则在第一层与第二层之间出现了一层氢原子,按说它应该在第一层的最底部(从图二可以看出,第一层底部的氢原子不见了),现在则跑到第一层和第二层之间,不知道应该如何解决,还请高手不吝指教,谢谢。

我愿拿出金币答谢帮助的高手,谢谢。

[ Last edited by lawnw on 2008-7-7 at 20:04 ]
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lawnw

木虫 (小有名气)

体系解释说明

我研究的体系是这样的,第一层是氢氧化镁的(001)晶面,上面有10A的真空片层,第二层是含有吸附分子(一个有机硅烷分子)的水层,第三层则只含有水分子,相当于一个盖子,负载上第二层上面。我要计算的是有机硅烷在氢氧化镁表面吸附的动力学过程,使用Discover的Dynamics模块,但是在build layer时则在第一层与第二层之间出现了一层氢原子,按说它应该在第一层的最底部,现在则跑到上面来了,不知道应该如何解决,还请高手不吝指教,谢谢。
3楼2008-07-07 14:37:14
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mengsk

金虫 (著名写手)


lawnw(金币+1,VIP+0):谢谢,虽然没有解决问题,还是鼓励一下。
你是想在表面上加水层吧?直接把水箱加在底层上就行了。加真空层的目的是研究分子在表面吸附时,将其变为3维周期体系。
奋斗中的小木虫
2楼2008-07-07 11:26:51
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saitou

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lawnw(金币+9,VIP+0):太感谢,问题已经解决。
周期重复的问题吧,试试把出问题的层的原子向上移动,空出一点真空层,然后在layer组合
不抛弃,不放弃
4楼2008-07-07 16:36:03
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mengsk

金虫 (著名写手)

为什么还要在氢氧化镁表面上加真空层,难道这部分空间不是应该被水填充的吗?
saitou说的“把出问题的层的原子向上移动,空出一点真空层”具体怎么移呢?
谢谢!
奋斗中的小木虫
5楼2008-07-07 21:09:40
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