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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 请高手解决6类cif问题！
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id089

金虫 (正式写手)

[交流] 请高手解决6类cif问题！

请高手帮忙实际解答一下下面这几类问题，谢谢
每类问题奖励1金币，请斑竹帮忙分配，谢谢勤劳的斑竹！

241_ALERT_2_A Check High      Ueq as Compared to Neighbors for         N1
761_ALERT_1_A CIF Contains no X-H Bonds ......................          ?
762_ALERT_1_A CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles ..........          ?
#==============================================================================
201_ALERT_2_B Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......          3
341_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C Bonds (x 1000) Ang ...         70
731_ALERT_1_B Bond    Calc     2.18(5), Rep   2.181(10) ......       5.00 su-Ra
              CO2  -N1      1.555   3.665
731_ALERT_1_B Bond    Calc     2.18(5), Rep   2.181(10) ......       5.00 su-Ra
              CO2  -N1      1.555  18.546
731_ALERT_1_B Bond    Calc     1.48(6), Rep   1.483(10) ......       6.00 su-Ra
              N1   -C2      1.555   1.555
731_ALERT_1_B Bond    Calc     1.49(5), Rep   1.485(10) ......       5.00 su-Ra
              N1   -C1      1.555   1.555
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1楼 2008-07-04 17:24:53
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神不龙童

银虫 (小有名气)
第一个说的是你的U值，这个问题不是用什么cif编辑就可以解决的
最好找给你做单晶的老师，需要精修
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2楼2008-07-04 21:49:57
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id089

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 神不龙童 at 2008-7-4 21:49:
第一个说的是你的U值，这个问题不是用什么cif编辑就可以解决的
最好找给你做单晶的老师，需要精修

晶体是我自己解的，我知道这不是cif编辑能解决，降低占有率的话不太合理，所以很费神！
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3楼2008-07-04 22:34:14
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zhangwu

新虫 (小有名气)
★ ★
id089(金币+1,VIP+0):谢谢指点！！
id089(金币+1,VIP+0):谢谢指点!
2和3 将BOND改为BOND $H
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4楼2008-07-05 05:59:21
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jpzou

木虫 (正式写手)
★
id089(金币+1,VIP+0):谢谢指点！！
引用回帖:
Originally posted by id089 at 2008-7-4 22:34:


晶体是我自己解的，我知道这不是cif编辑能解决，降低占有率的话不太合理，所以很费神！

是否考虑过有可能存在分裂？
另外对于第四问题你在INS文件中加ISOR命令就可以解决。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2008-07-05 08:31:56
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jpzou

木虫 (正式写手)
★ ★
id089(金币+2,VIP+0):谢谢指点！！
341_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C Bonds (x 1000) Ang ...         70

731_ALERT_1_B Bond    Calc     2.18(5), Rep   2.181(10) ......       5.00 su-Ra
              CO2  -N1      1.555   3.665
731_ALERT_1_B Bond    Calc     2.18(5), Rep   2.181(10) ......       5.00 su-Ra
              CO2  -N1      1.555  18.546
731_ALERT_1_B Bond    Calc     1.48(6), Rep   1.483(10) ......       6.00 su-Ra
              N1   -C2      1.555   1.555
731_ALERT_1_B Bond    Calc     1.49(5), Rep   1.485(10) ......       5.00 su-Ra
              N1   -C1      1.555   1.555

以上这几个错误都可以用DAMP命令可以解决。
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6楼2008-07-05 08:34:21
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id089

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jpzou at 2008-7-5 08:31:



是否考虑过有可能存在分裂？
另外对于第四问题你在INS文件中加ISOR命令就可以解决。

请问jpzou，ISOR对所有原子添加吗？还是只需要对温度因子偏大的使用？
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7楼2008-07-05 14:25:46
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id089

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jpzou at 2008-7-5 08:34:
341_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C Bonds (x 1000) Ang ...         70

731_ALERT_1_B Bond    Calc     2.18(5), Rep   2.181(10) ......       5.00 su-Ra
              CO2  -N1      1.555   3.6 ...

DAMP命令使用能达到效果吗？
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8楼2008-07-05 14:27:14
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id089

金虫 (正式写手)
我试过了，damp 5000以下只能将341_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C Bonds (x 1000) Ang ...         70降到17左右，无法消除，倒是731这类问题消除了。而用damp 0 0时又返回到原状态了。哎
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9楼2008-07-05 17:55:07
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jpzou

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by id089 at 2008-7-5 14:25:




请问jpzou，ISOR对所有原子添加吗？还是只需要对温度因子偏大的使用？

可以单独对没有进行各向异性的原子做，也可以对所有原子做，没有区别。
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10楼2008-07-06 09:45:55
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