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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 请高手解决6类cif问题！
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jpzou

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by id089 at 2008-7-5 17:55:
我试过了，damp 5000以下只能将341_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C Bonds (x 1000) Ang ...         70降到17左右，无法消除，倒是731这类问题消除了。而用damp 0 0时又返回到原状态了。哎

DAMP 5000能做就可以了，只要结构收敛性还不错就不必又使用DAMP 0 0命令了，至于C-C键的误差降低到17我认为可以了，这个应该问题不大，而且PLATON检查应该不会再提示为B级错误把。
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11楼2008-07-06 09:48:37
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id089

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jpzou at 2008-7-6 09:48:


DAMP 5000能做就可以了，只要结构收敛性还不错就不必又使用DAMP 0 0命令了，至于C-C键的误差降低到17我认为可以了，这个应该问题不大，而且PLATON检查应该不会再提示为B级错误把。

很不幸，依然是提示B级错误，不过是不是因为我把与C原子链接的其他原子与其他原子之间键长限定了，导致C-C之间的键长无法与计算值近似？C-C键是在对称操作 的情况下产生的，这一块的C原子还有N原子都没有经过各向异性。

[ Last edited by id089 on 2008-7-7 at 16:28 ]
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12楼2008-07-07 16:13:54
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id089

金虫 (正式写手)
谢谢jpzou，现在checkcif下来只有下面一系列问题了，A类、B类问题各只有一个了，不知道有朋友能解决不。顺带说明，我用过了ISOR 0.001，但是没消除201这类问题。



241_ALERT_2_A Check High      Ueq as Compared to Neighbors for         N1
#==============================================================================
201_ALERT_2_B Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......          3
#==============================================================================
041_ALERT_1_C Calc. and Rep. SumFormula Strings    Differ ....          ?
066_ALERT_1_C Predicted and Reported Transmissions Identical .          ?
068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...          ?
202_ALERT_3_C Isotropic non-H Atoms in Anion/Solvent .........          1
243_ALERT_4_C High  'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for         O1
243_ALERT_4_C High  'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for         O2
243_ALERT_4_C High  'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for         O3
243_ALERT_4_C High  'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for         O4
244_ALERT_4_C Low   'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for         P1
244_ALERT_4_C Low   'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for        Si1
302_ALERT_4_C Anion/Solvent Disorder .........................      24.00 Perc.
341_ALERT_3_C Low Bond Precision on C-C Bonds (x 1000) Ang ...         15
360_ALERT_2_C Short  C(sp3)-C(sp3) Bond  C1     -   C2_s   ...       1.35 Ang.
779_ALERT_2_C Suspect or Irrelevant (Bond) Angle in CIF ......       0.00 Deg.
              CO1  -O1   -AL1    18.545   1.555  18.545
779_ALERT_2_C Suspect or Irrelevant (Bond) Angle in CIF ......       0.00 Deg.
              CO1  -O2   -AL1     2.655   1.555   2.655
779_ALERT_2_C Suspect or Irrelevant (Bond) Angle in CIF ......       0.00 Deg.
              CO1  -O4   -AL1    11.666   1.555  11.666
796_ALERT_4_C O-Atom in CIF Coordinate List out of Sequence ..         O2
802_ALERT_4_C CIF Input Record(s) with more than 80 Characters          !
912_ALERT_3_C # Missing FCF Reflections Above    STh/L=  0.600         21
#==============================================================================
793_ALERT_2_G Check the Absolute Configuration of P1     .....          R
860_ALERT_3_G Note: Number of Least-Squares Restraints .......          3
#==============================================================================

[ Last edited by id089 on 2008-7-7 at 16:59 ]
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13楼2008-07-07 16:54:34
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shenjian-2

铜虫 (小有名气)
201_ALERT_2_B Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......          3

应该是主结构中还有3个没有各向异性的非氢原子
anis一次就可以了。
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14楼2008-07-22 12:06:36
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