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zenghy

新虫 (小有名气)

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8楼: Originally posted by 大孙20111987 at 2015-04-16 10:17:06
15秒一次,中间停5秒。超几次就看你的基因组大小了。...

想把问题奖励分给你,不会弄
11楼2015-04-16 17:15:42
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大孙20111987

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by zenghy at 2015-04-16 17:13:43
都没查到有用的文献,都是用Covaris® instrument打成需要的片段,这些家伙真有钱...

超声的条件主要取决于你的基因组或质粒的G+C含量和你所需片段的大小。一般来说如果你的基因组G+C含量在50%左右,80w*2sec*3次,间歇5秒,可让你得到5-15k的片段,若要减小片段长度,可增加超声时间(3sec)或次数(如4次),另外G+C含量越小,则功率也要相应减小,间歇时间延长。
若不知道你的菌的具体情况,你可先拿60w*2sec*3次,间歇5秒,先试一下,然后跑电泳看看,再根据电泳情况决定是增加超声次数或加大功率

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

做好自己,坚持到底
12楼2015-04-17 10:55:01
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zenghy

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by 大孙20111987 at 2015-04-17 10:55:01
超声的条件主要取决于你的基因组或质粒的G+C含量和你所需片段的大小。一般来说如果你的基因组G+C含量在50%左右,80w*2sec*3次,间歇5秒,可让你得到5-15k的片段,若要减小片段长度,可增加超声时间(3sec)或次数( ...

谢谢楼主啊,我的菌4Mb,GC含量56%,需要用miseq测序,它的读长是2x250bp。
13楼2015-04-17 15:04:43
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