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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 微生物基因组打成片段，用什么方法好？
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zenghy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 大孙20111987 at 2015-04-16 10:17:06
15秒一次，中间停5秒。超几次就看你的基因组大小了。...

想把问题奖励分给你，不会弄
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11楼2015-04-16 17:15:42
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大孙20111987

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zenghy at 2015-04-16 17:13:43
都没查到有用的文献，都是用Covaris® instrument打成需要的片段，这些家伙真有钱...

超声的条件主要取决于你的基因组或质粒的G+C含量和你所需片段的大小。一般来说如果你的基因组G+C含量在50%左右，80w*2sec*3次，间歇5秒，可让你得到5-15k的片段，若要减小片段长度，可增加超声时间（3sec）或次数（如4次），另外G+C含量越小，则功率也要相应减小,间歇时间延长。
若不知道你的菌的具体情况，你可先拿60w*2sec*3次，间歇5秒，先试一下，然后跑电泳看看，再根据电泳情况决定是增加超声次数或加大功率
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zenghy
做好自己，坚持到底
12楼2015-04-17 10:55:01
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zenghy

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by 大孙20111987 at 2015-04-17 10:55:01
超声的条件主要取决于你的基因组或质粒的G+C含量和你所需片段的大小。一般来说如果你的基因组G+C含量在50%左右，80w*2sec*3次，间歇5秒，可让你得到5-15k的片段，若要减小片段长度，可增加超声时间（3sec）或次数（ ...

谢谢楼主啊，我的菌4Mb，GC含量56%，需要用miseq测序，它的读长是2x250bp。
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13楼2015-04-17 15:04:43
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