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淡如水

金虫 (正式写手)

[交流] 关于势能面扫描的问题

我想扫描一个完整的势能面出来(当分子结构中的两个二面角发生变化时),但是仅仅用scan关键字扫描的话,缺少了优化构型的过程,是刚性扫描,得到的结果不是很准确。
是不是需要用opt=Modredundant来进行平缓势能面扫描?
刚性扫描和平缓势能面扫描哪个更合理一些?
谢谢!

[ Last edited by 淡如水 on 2008-7-3 at 17:52 ]
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cuihang

铁杆木虫 (正式写手)

VASPer

★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):qqq
刚性扫描毕竟还是不太可靠吧,但是要考虑计算量能不能承受
聪明人知道自己是傻子,傻子以为自己是聪明人
2楼2008-07-03 18:47:21
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)

★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):qqq
我感觉应该是柔性扫描会合理一些,但是时间会很长!恐怕不能接受!
大家都说我是个好人,其实,我也是这么想的~!
3楼2008-07-03 20:13:20
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淡如水

金虫 (正式写手)

楼上两位说的都非常有道理,我的问题是:
一般用到paper中的势能面图是刚性扫描还是平缓势能面扫描?
谢谢!
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4楼2008-07-03 21:58:09
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python9527

金虫 (小有名气)

顶一个!我也碰到同样的问题了!!

我在做一个顺反异构 ,用opt=Modredundant来进行平缓势能面扫描发现 2 二面角没有变 但是终点的时候获得 的构型与 没有固定2面角的所优化点有偏差 !!

并且 势能面 不是很平滑!!

请高人 赐教!!!文献上 一般只给出 是 pes 没有说明是  刚性还是柔性的
5楼2008-07-03 22:29:59
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北京一叶567

木虫 (小有名气)

★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):qqq
所有势能扫描之前,都得先opt吧,无论是刚性还是柔性。opt=modredun也应该建立在已经优化的分子基础上。我一般用柔性,很少直接用scan。以上个人意见,仅供参考。
6楼2008-07-03 23:20:42
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淡如水

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 北京一叶567 at 2008-7-3 23:20:
所有势能扫描之前,都得先opt吧,无论是刚性还是柔性。opt=modredun也应该建立在已经优化的分子基础上。我一般用柔性,很少直接用scan。以上个人意见,仅供参考。

但是在《Exploring Chemistry with Electronic Structure Method》这本书中有这么一段话:

8.4 势能面扫描
势能面扫描可以研究一个区域内的势能面。一般的扫描都是由一系列的在不同结构上的单点能计算组成的。当进行势能面扫描时,要设置分子结构的变量,设置需要变化的结构的范围和步长。
在Gaussian中,势能面扫描是自动进行的,下面是一个进行势能面扫描的算例。
#T UMP4/6-311+G(d,p) Scan Test
CH PES Scan
0 2
C
H 1 R
R 0.5 40 0.04
该算例要求一个对于CH的势能面扫描,所用的关键词是scan,变量的设置格式是:
名称  初始值 [点数  步长]
当只有一个参数时,变量在整个扫描中是不变的,当三个参数都设定时,变量将在一定范围内变化。当有多个变量时,所有的可能构型都要计算。所有等级的计算结果都在输出文件中列出,比如进行的MP2的势能面扫描也将列出HF方法的结果。根据得到的扫描结果,可以得到所要的势能面,通过它,可能得到极小值的可能位置。势能面扫描过程中不进行几何优化。

如果说不能用scan,这个怎么解释呢?
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7楼2008-07-04 13:39:13
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