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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » 求助各位老师同学，如何分析预测反应位点，万分感谢！
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renyan0627

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助各位老师同学，如何分析预测反应位点，万分感谢！ 已有1人参与

求助各位老师同学，本人是食品专业研二学生，但最近要用到量子化学计算苯二酚和其亚硝基取代物的电荷分布，以判断其发生亲电取代的位点和取代先后顺序。

我看了Sob姐的“使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用”一文，其中以苯酚作为例子做了介绍，我觉得和我想做的很类似。
但是由于以前从未接触过量子化学，也对软件操作不了解，所以对于具体操作仍旧不是很清楚，想向各位老师同学求助。

在文中以苯酚举例时，输入关于C6H6O的每个原子数值，就得到苯酚.wfn，这个数值我怎么计算得到呢？比如我要得到邻苯二酚.wfn应该怎么做呢？
后面得出了极大值点和极小值点的电荷数据，那如何得出苯环上每个碳原子的电荷数据呢？

真诚希望各位老师同学可以提供帮助，在下万分感谢！
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1楼 2015-04-02 21:27:13
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by renyan0627 at 2015-04-07 21:10:19
后面步骤是很详细，主要是我不知道如何得到用于分析的wfn文件。
比如举的例子是打开苯酚.wfn文件进行计算，但如果我的是邻苯二酚或者是它的取代产物，我是先在什么软件里画出结构式再保存成这个wfn文件吗？用gaus ...

用Gaussview画结构
然后用gaussian计算
计算的时候设置output=wfn

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4楼2015-04-08 06:52:46
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+1, 谢谢交流 2015-04-03 16:44:21
他那个应该很详细了呀

其实这个反应位点有结构化学的知识，肉眼就能看出来是哪，都不需要算

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2楼2015-04-03 06:26:39
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renyan0627

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qchem at 2015-04-03 06:26:39
他那个应该很详细了呀

其实这个反应位点有结构化学的知识，肉眼就能看出来是哪，都不需要算

后面步骤是很详细，主要是我不知道如何得到用于分析的wfn文件。
比如举的例子是打开苯酚.wfn文件进行计算，但如果我的是邻苯二酚或者是它的取代产物，我是先在什么软件里画出结构式再保存成这个wfn文件吗？用gaussview还是什么软件呢？
因为我不是学化学专业的，这些软件都是第一次接触，希望您能帮忙解释一下，谢谢！
求助各位老师同学，如何分析预测反应位点，万分感谢！
截图.png
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3楼2015-04-07 21:10:19
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renyan0627

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by qchem at 2015-04-08 06:52:46
用Gaussview画结构
然后用gaussian计算
计算的时候设置output=wfn
...

谢谢您的回复。我目前遇到的问题是，在Gaussview中画好图，然后保存为gjf格式，然后在gaussian03w中打开，参数设置参照了原帖中苯酚的例子，但是在最下面的Molecule specification中它自动生成的数据是这样的：
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
C                  1              B5    2              A4    3              D3
H                  1              B6    6              A5    5              D4
H                  2              B7    1              A6    6              D5
H                  3              B8    2              A7    1              D6
H                  4              B9    3              A8    2              D7
H                  6             B10    1              A9    2              D8
O                  5             B11    4             A10    3              D9
H                 12             B12    5             A11    4             D10

   B1             1.39516000
   B2             1.39471206
   B3             1.39542701
   B4             1.39482508
   B5             1.39482907
   B6             1.09961031
   B7             1.09965530
   B8             1.09968019
   B9             1.09968011
   B10            1.09960403
   B11            1.43000000
   B12            0.96000000
   A1           120.00863221
   A2           119.99416459
   A3           119.99399231
   A4           119.99845680
   A5           120.00431986
   A6           119.98077039
   A7           120.01279489
   A8           119.98114211
   A9           120.00799702
   A10          120.01134336
   A11          109.50000006
   D1            -0.05684321
   D2             0.03411439
   D3             0.03234809
   D4          -179.97984142
   D5           179.95324796
   D6           179.96185208
   D7          -179.99643617
   D8           179.98917535
   D9          -180.00000000
   D10           89.93168724

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 8 1.0
3 4 1.5 9 1.0
4 5 1.5 10 1.0
5 6 1.5 12 1.0
6 11 1.0
7
8
9
10
11
12 13 1.0
13


然后我点击运行后，Gaussian一直运行到l703.EXE就又开始重复l101.exe，一直往复，就是不出结果。但是按照原帖中的复制过来，就重复一次就得到结果了。请问是我哪里操作错误还是也要得到像下图这样的数据再导入Gaussian吗？谢谢您
求助各位老师同学，如何分析预测反应位点，万分感谢！-1
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5楼2015-04-08 20:49:01
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