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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 【程序发布】分子叠合与MSD计算程序
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smutao

禁虫 (著名写手)

[资源] 【程序发布】分子叠合与MSD计算程序

最近抽空用fortran 77 写了一个能叠合2个分子，并计算最小(R)MSD的程序。
众所周知，目前有很多的商业软件或者是开源程序（如PyMol）可以做这一点，在PyMol中使用align命令即可调用该功能。
本程序有如下特点：
1、简单易用，不需要编译，直接在终端或者是命令提示符中运行即可
2、采用交互式界面
3、计算(R)MSD采用梯度下降法，效率较高。注意，本程序算出的MSD是RMSD的平方，即MSD=RMSD^2.
4、可以选择部分原子来做分子叠合（fitting）（该功能在下个版本中发布）

支持平台：
1、LINUX 64 位
2、MacOS
3、Windows 32/64位均可

使用方法：
1、打开终端（Terminal）或Windows下的命令提示符 cmd
2、把程序图标拖入终端窗口，点击回车（在纯命令行环境下，使用 ./run.LINUX64 或 ./run.MacOS）即可
3、【程序发布】分子叠合与MSD计算程序
4、输入第一个分子的文件名，如例子中的 c1.xyz
5、可以看到程序读取了第一个分子的坐标信息
6、此时等待第二个分子文件名的输入
7、【程序发布】分子叠合与MSD计算程序-1
8、我们输入c2.xyz 点击回车
9、之后便开始了MSD级小化的迭代计算
10、
CODE:
  
  
***************************STARTING A NEW ITERATION***************************
  
  -3.13489676      -1.04319715      -1.06418657   
MSD =         0.00009720395610202104
MSD RISES. GO BACK TO PREVIOUS VALUE:
MSD =         0.00007146943971747532
  -3.13489676      -1.04319715      -1.06418657   
MSD =         0.00007256344542838633
MSD RISES. GO BACK TO PREVIOUS VALUE:
MSD =         0.00007146943971747532
  -3.13489676      -1.04319715      -1.06418657   
MSD =         0.00028098167967982590
MSD RISES. GO BACK TO PREVIOUS VALUE:
MSD =         0.00007146943971747532
  -3.13489676      -1.04319715      -1.06418657   
MSD =         0.00257147499360144138
MSD RISES. GO BACK TO PREVIOUS VALUE:
MSD =         0.00007146943971747532
  -3.13489676      -1.04319715      -1.06418657   
MSD =         0.00257147196680307388
MSD RISES. GO BACK TO PREVIOUS VALUE:
MSD =         0.00007146943971747532
  -3.13489676      -1.04319715      -1.06418657   
MSD =         0.00257147452794015408
MSD RISES. GO BACK TO PREVIOUS VALUE:
MSD =         0.00007146943971747532
*************************** ITERATION          152  FINISHED.***************************
  
INTERATION FINISHES.


FINAL MSD:
        0.00007146943971747532
Fitted Geom 1 Coordinates:
C  -3.2422322553509542       -2.3005059970682220       -1.2821629489552877     
H  -2.9377655974201806       -2.2678258232406177       -2.3074079075747136     
H  -4.3102182646043765       -2.3378884370863062       -1.2282800876188020     
H  -2.8308777030299810       -3.1710956512864912      -0.81551880261076826     
C  -2.7353780160712624       -1.0407400877111765      -0.55574708803038730     
H  -3.0400099100240281       -1.0733271769621857       0.46945174084924624     
H  -1.6673800922411244       -1.0034587787194416      -0.60946360255310805     
C  -3.3272002803772671       0.21226911723592745       -1.2275397439408513     
H  -4.3951992156091526       0.17496936903223492       -1.1738561205752993     
H  -2.9750647578655420        1.0875595202595361      -0.72279909045528212     
H  -3.0225378506986664       0.24487541091577292       -2.2527288824253118     
Reference Geom 2 Coordinates:
C  -3.2432658600000002       -2.3014850999999998       -1.2759260200000000     
H  -2.9440642100000001       -2.2734248600000000       -2.3028588399999999     
H  -4.3109612500000001       -2.3386700899999999       -1.2163959700000000     
H  -2.8294641999999999       -3.1699409599999999      -0.80746832000000002     
C  -2.7327742100000001       -1.0384252199999999      -0.55781877999999996     
H  -3.0321413399999999       -1.0663925999999999       0.46906833999999997     
H  -1.6650660500000001       -1.0013406100000000      -0.61718209000000002     
C  -3.3281193700000000       0.21151213999999999       -1.2322227800000001     
H  -4.3958287199999999       0.17440894000000001       -1.1728922700000000     
H  -2.9734564500000000        1.0890913200000001      -0.73325483999999996     
H  -3.0287216699999999       0.23949877000000000       -2.2591004500000000     

CONTRIBUTORS: D. YANG, H.K. ZHU

Mon Mar 30 16:05:16 CDT 2015
PRESS ANY KEY TO CONTINUE...

11、计算完成后能看到如上的输出信息，或见下图
12、【程序发布】分子叠合与MSD计算程序-2
13、整个计算过程在1秒内完成
14、最后是fitted的第一个分子的坐标，程序运行时只移动第一个分子，把 Fitted Geom 1 Coordinates 这一部分的信息复制剪贴出来保存为xyz文件即可。

*使用注意事项：对于输入的分子信息，请确保原子的数目和类型相同。下一个版本将取消此限制。今天突然发现PyMol里面已经有这个功能了
叫Pair Fit
http://www.pymolwiki.org/index.php/Pair_fit

[ Last edited by smutao on 2015-6-17 at 05:00 ]
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    • 2015-03-31 05:14:34, 649 bytes
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1楼 2015-03-31 05:13:19
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

OK是算的很快
不错的，可不可以用什么软件看轨迹
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2楼2015-03-31 09:52:40
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2015-03-31 09:55:12
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

如果两个分子的原子数和原子类型相同的话, 有解析的方法可用, 无须优化
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5楼2015-04-01 05:50:37
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smutao

禁虫 (著名写手)
送红花一朵
本帖内容被屏蔽
6楼2015-04-01 09:36:56
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zhuifenghe

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

一直在ccp4mg里做分子叠加的
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7楼2015-04-01 16:02:17
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

支持原创!
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12楼2015-04-29 17:43:29
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zhlm1227cs

铁杆木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

很好用的一个东西！
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14楼2015-05-12 11:32:50
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Awcse

新虫 (小有名气)
请问大师有用过VASP中MD来计算MSD的经验了，小弟刚入行希望不吝赐教
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15楼2015-11-29 16:58:35
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O123yh

铜虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

没学过fortran,有C的程序吗？算两个蛋白分子之间的RMSD
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16楼2015-12-17 16:31:37
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
17楼2015-12-19 10:14:36
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十年磨练

木虫 (正式写手)
请教一下楼主，我为什么不能正常使用改程序？
我是在window下使用的或者是Linux下使用都不能正常的启动

Linux下出现
wzy@ubuntu:~/1$ ./run.LINUX64
./run.LINUX64: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory


widow下出现如下图形
【程序发布】分子叠合与MSD计算程序-3
图片1.png
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19楼2016-01-04 21:45:08
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Pauline诗

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhuifenghe at 2015-04-01 16:02:17
一直在ccp4mg里做分子叠加的

你好呀 请问这个通过蛋白质结构计算RMSD的软件是啥呀？
赞一下 回复此楼
20楼2018-01-18 10:35:11
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Pauline诗

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
17楼: Originally posted by smutao at 2015-12-19 10:14:36
没有的呢
可以用pymol算蛋白的...

你好呀，我是pymol才入门，请问怎么把这个用来计算蛋白
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21楼2018-01-18 10:36:16
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luwis4楼
2015-03-31 17:35   回复  
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smutao8楼
2015-04-02 11:02   回复  
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhuifenghe at 2015-04-01 16:02:17 一直在ccp4mg里做分子叠加的

yangming989楼
2015-04-02 23:58   回复  
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alarace10楼
2015-04-03 08:11   回复  
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8626825611楼
2015-04-15 11:31   回复  
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jchwang197213楼
2015-04-30 12:35   回复  
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十年磨练18楼
2016-01-04 21:08   回复  
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蝈23422楼
2018-01-20 21:37   回复  
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