24小时热门版块排行榜    

查看: 1675  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

天罡寒星

木虫 (著名写手)

[交流] VASP计算任务中断,原因是reason = mpd disappeared,求解决办法。

VASP计算一个任务,用计算机提交服务器进行计算,然后将SSH窗口关掉之后,再次登录任务就无故终端,log文件最后提示job aborted; reason = mpd disappeared。提交任务之前都需要在窗口上键入mpd &才能进行计算,之前求助过这个问题,是因为mpd不能自动启动,需要手动启动,但是为什么前端关闭,任务就结束了呢?我提交任务的命令是nohup mpirun -np 12 vaspmpi </dev/dull> log &, 已经让其后台运行了,为什么还中断呢?有人回答cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_hf); possible causes:  1. no mpd is running on this host  2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)In case 1, you can start an mpd on this host with: mpd &   and you will be able to run jobs just on this host. 有人说我的并行安装有问题或者设置有问题,我安装MPI的步骤如下:
MPI(mpich2-1.0.8)安装:
1. 进入进入指定目录/home/vasp52/mpi/(目录可以更改)下,进入后打开终端,输入以下命令进行安装:
解压 tar -zxvf mpich2-1.0.8.tar.gz(请使用这个版本,使用1.4版没有编译过)。
2. 进入安装包 cd mpich2-1.0.8
3. 输入命令 export F90=ifort FC=ifort
4. 检查环境指定目录 ./configure --prefix=/home/vasp52/mpich2/ --enable-f90 --enable-f77
(在configure的过程可能出现说域名错误,那就修改/etc/hosts文件)
5. 进行编译 make
6. 编译安装 make install
7. 修改环境变量 vi ~/.bashrc,加入以下两句
export PATH=/home/vasp/mpich2/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/vasp/mpich2/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
ulimit -s unlimited
8. 保存 source ~/.bashrc。
9. 输入命令:
cd $HOME
touch /etc/mpd.conf
chmod 600 /etc/mpd.conf
vi /etc/mpd.conf进入文本文档,输入secretword=123456(数字可以随意),保存退出。
再输入命令: mpd &就OK了。
输入以下命令:which mpd
which mpiexec
which mpdrun
能找到相对应的路径就说明没问题了。

求大神指点具体改进的方法!感激不尽!
上一次求助的链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8257344&fpage=1&target=self&page=1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

只为成功寻理由,不为失败找借口
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
天罡寒星: 金币+3 2015-04-28 14:16:20
天罡寒星: 金币+10 2015-07-17 10:04:18
从环境上看,mpd也需要用nohup运行。否则窗口关闭之后mpd就关闭了。
3楼2015-04-28 09:16:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见