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VASP计算任务中断,原因是reason = mpd disappeared,求解决办法。
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VASP计算一个任务,用计算机提交服务器进行计算,然后将SSH窗口关掉之后,再次登录任务就无故终端,log文件最后提示job aborted; reason = mpd disappeared。提交任务之前都需要在窗口上键入mpd &才能进行计算,之前求助过这个问题,是因为mpd不能自动启动,需要手动启动,但是为什么前端关闭,任务就结束了呢?我提交任务的命令是nohup mpirun -np 12 vaspmpi </dev/dull> log &, 已经让其后台运行了,为什么还中断呢?有人回答cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_hf); possible causes: 1. no mpd is running on this host 2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)In case 1, you can start an mpd on this host with: mpd & and you will be able to run jobs just on this host. 有人说我的并行安装有问题或者设置有问题,我安装MPI的步骤如下: MPI(mpich2-1.0.8)安装: 1. 进入进入指定目录/home/vasp52/mpi/(目录可以更改)下,进入后打开终端,输入以下命令进行安装: 解压 tar -zxvf mpich2-1.0.8.tar.gz(请使用这个版本,使用1.4版没有编译过)。 2. 进入安装包 cd mpich2-1.0.8 3. 输入命令 export F90=ifort FC=ifort 4. 检查环境指定目录 ./configure --prefix=/home/vasp52/mpich2/ --enable-f90 --enable-f77 (在configure的过程可能出现说域名错误,那就修改/etc/hosts文件) 5. 进行编译 make 6. 编译安装 make install 7. 修改环境变量 vi ~/.bashrc,加入以下两句 export PATH=/home/vasp/mpich2/bin/:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/vasp/mpich2/lib/:$LD_LIBRARY_PATH ulimit -s unlimited 8. 保存 source ~/.bashrc。 9. 输入命令: cd $HOME touch /etc/mpd.conf chmod 600 /etc/mpd.conf vi /etc/mpd.conf进入文本文档,输入secretword=123456(数字可以随意),保存退出。 再输入命令: mpd &就OK了。 输入以下命令:which mpd which mpiexec which mpdrun 能找到相对应的路径就说明没问题了。 求大神指点具体改进的方法!感激不尽! 上一次求助的链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8257344&fpage=1&target=self&page=1 |
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