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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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anna_min

金虫 (小有名气)

[求助] KEGG代谢途径画图 已有2人参与

请问哪位大神知道下面的KEGG代谢途径图是用什么画的？

KEGG代谢途径画图
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追求
1楼 2015-03-23 22:03:47
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shengwukao

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-24 13:35:25
这个图是pathway crosstalk图，需要计算两两pathway之间的关系值，然后选好阀值之后，使用cytoscape软件即可作图。
甚至可以比这个图还要漂亮。例如，设定节点的大小代表包含的差异基因个数；节点的颜色深浅代表与 ...

请问这个关系值怎么计算的，怎么得到pathway之间的相互作用呢
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4楼2017-03-29 17:30:56
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
anna_min: 金币+10, ★有帮助, 我试着装过cytoscape 但是要求选择JAVA，没安装上 2015-03-24 13:33:44
cytoscape可以画
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2楼2015-03-24 11:59:56
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

这个图是pathway crosstalk图，需要计算两两pathway之间的关系值，然后选好阀值之后，使用cytoscape软件即可作图。
甚至可以比这个图还要漂亮。例如，设定节点的大小代表包含的差异基因个数；节点的颜色深浅代表与之相关的pathway多少；边的粗细代表p值。
赞一下(1人) 回复此楼
你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
3楼2015-03-24 13:35:25
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