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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请问下KEGG代谢通路图里红色和绿色的箭头以及红色的方框的含义~~~~~~~~~
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银杏叶2

金虫 (小有名气)

[求助] 请问下KEGG代谢通路图里红色和绿色的箭头以及红色的方框的含义~~~~~~~~~ 已有1人参与

如图，我从KEGG pathway里面找到了特定物种的alanine和2-Oxocarboxylic acid代谢通路图，之前看过介绍的帖子说方框里的是酶，而且绿色就是代表这个物种的酶，但是我看到第一张图里面绿色的酶还有一个红色的边框，是代表这个酶增多上调了么？可以认为相应的代谢产物oxaloacetate也增多吗？第二个图里面还有红色的双向箭头以及绿色的单向箭头，双向箭头是代表可以相互转换吗？那么红绿色也是代表着转换速度变快变慢吗？我查了KEGG的help里的color coding，没找到这个介绍呢~~~问题有点多，非常感谢大家能帮忙解答~~~~~~

请问下KEGG代谢通路图里红色和绿色的箭头以及红色的方框的含义~~~~~~~~~
1.JPG


请问下KEGG代谢通路图里红色和绿色的箭头以及红色的方框的含义~~~~~~~~~-1
捕获.JPG

[ Last edited by 银杏叶2 on 2014-3-18 at 12:36 ]
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1楼 2014-03-18 08:53:08
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银杏叶2

金虫 (小有名气)
谢谢大家了，我估计是数据的bug，我再点开就没有了，是正常的绿色的图~~~~~~~~~~~~~
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2楼2014-03-18 14:35:22
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银杏叶2

金虫 (小有名气)
如果从reference pathway里面点进去，再选择特定物种就是正常的，如果从特定物种点进去再选择下面列表里的pathway出来的就有红色标志，然后刷新，就变成正常的绿色的了~~~
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3楼2014-03-18 14:56:20
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libranjie

木虫 (小有名气)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-19 16:03:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by 银杏叶2 at 2014-03-18 14:56:20
如果从reference pathway里面点进去，再选择特定物种就是正常的，如果从特定物种点进去再选择下面列表里的pathway出来的就有红色标志，然后刷新，就变成正常的绿色的了~~~

恭喜你，应该是哪里格式什么的有了问题了，不是表达数据，是不会显示上调下调的，看看数据有没有格式问题。
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4楼2014-03-19 08:58:26
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银杏叶2

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by libranjie at 2014-03-19 08:58:26
恭喜你，应该是哪里格式什么的有了问题了，不是表达数据，是不会显示上调下调的，看看数据有没有格式问题。...

非常谢谢你~~
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5楼2014-03-23 13:33:36
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银杏叶2

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by libranjie at 2014-03-19 08:58:26
恭喜你，应该是哪里格式什么的有了问题了，不是表达数据，是不会显示上调下调的，看看数据有没有格式问题。...

您好，我还有一个问题，就是特定物种的代谢图里面除了绿色的框代表这个物种特有的酶，那么白色的框是说这个物种没有这种酶吗，还是说暂时没发现呢，谢谢啦，如果问题太低级了还请别见笑哈，ps您回复的时候点一下应助哈，我好提交最佳答案
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6楼2014-03-24 15:14:10
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libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
银杏叶2: 金币+80, ★★★★★最佳答案 2014-03-31 18:18:34
引用回帖:
6楼: Originally posted by 银杏叶2 at 2014-03-24 15:14:10
您好，我还有一个问题，就是特定物种的代谢图里面除了绿色的框代表这个物种特有的酶，那么白色的框是说这个物种没有这种酶吗，还是说暂时没发现呢，谢谢啦，如果问题太低级了还请别见笑哈，ps您回复的时候点一下应 ...

在reference 的pathway里面，绿色表示有这样的酶，这个酶很可能就来自与这个reference，但是完成某一个功能可能有不少序列相似度并不高的几个酶，所以那个白色的最保守的描述是没有发现，基本上就是没有这个酶。
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7楼2014-03-24 17:17:28
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银杏叶2

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by libranjie at 2014-03-24 17:17:28
在reference 的pathway里面，绿色表示有这样的酶，这个酶很可能就来自与这个reference，但是完成某一个功能可能有不少序列相似度并不高的几个酶，所以那个白色的最保守的描述是没有发现，基本上就是没有这个酶。...

哦，也就是说没有这个酶，也有可能有其他的相似的酶催化这个路径，所以说比如附图这里的特定物种的nicotinate代谢路径，生成trigonelline也是有可能滴是吧~~
请问下KEGG代谢通路图里红色和绿色的箭头以及红色的方框的含义~~~~~~~~~-2
捕获.JPG
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8楼2014-03-31 18:27:50
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libranjie

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 银杏叶2 at 2014-03-31 18:27:50
哦，也就是说没有这个酶，也有可能有其他的相似的酶催化这个路径，所以说比如附图这里的特定物种的nicotinate代谢路径，生成trigonelline也是有可能滴是吧~~

捕获.JPG
...

但是在当前的基因组中存在的概率不高
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9楼2014-04-02 23:13:57
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银杏叶2

金虫 (小有名气)
嗯，知道啦，非常感谢~~
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10楼2014-04-05 10:30:10
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