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wenguilin126

木虫 (正式写手)

[交流] 自由水加氢

请教一个问题:
给自由水分子加氢时,理论加氢加不上,请问可用什么方式加上,(可能Ueq值有点大)?麻烦哪位能说的详细点,希望能将具体加氢步骤列出,本人属菜鸟级别,不胜感激!再就是加氢后,如何在Xcif制成的txt文件中列出氢键表?我所有的都点yes,结果氢键表是空白。先谢谢了。
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大家好。
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xnyl

银虫 (正式写手)

可以先固定两个方向,然后在加两个氢。再根据情况选择有没有氢键生成之类的
2楼2008-06-25 13:24:32
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
Originally posted by xnyl at 2008-6-25 13:24:
可以先固定两个方向,然后在加两个氢。再根据情况选择有没有氢键生成之类的

恩 可以根据氢键的形成考虑自己加
3楼2008-06-25 13:25:14
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phoenix682

铜虫 (初入文坛)

扩大Q峰的个数,看氧原子的配位环境,根据键长键角判断那个Q峰应该是H,然后在精修前在INS文件中将氢固定,精修即可。
氢键要到LIST文件中去找,然后自制氢键表。
4楼2008-06-25 15:19:32
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phoenix682

铜虫 (初入文坛)

扩大Q峰的个数,看氧原子的配位环境,根据键长键角判断那个Q峰应该是H,然后在精修前在INS文件中将氢固定,精修即可。
氢键要到LIST文件中去找,然后自制氢键表。
5楼2008-06-25 15:20:03
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flyingship

至尊木虫 (小有名气)

楼上的,怎么
那个Q峰应该是H!!!!
6楼2008-06-26 06:38:38
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paopaomeng

铁杆木虫 (著名写手)

看着键角合适的定上两个情,再固定:
dfix 0.85 0.02 ow hw1 ow hw2
dfix 1.35 0.02 hw1 hw2
精修后,再将hw1和hw2拷到ow下,用afix 3, afix 0固定,然后将Ueq改为-1.50000
经历了“删除门”,有点晕!
7楼2008-06-26 07:56:31
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