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wenguilin126

木虫 (正式写手)

[交流] 自由水加氢

请教一个问题：
给自由水分子加氢时，理论加氢加不上，请问可用什么方式加上，（可能Ueq值有点大）？麻烦哪位能说的详细点，希望能将具体加氢步骤列出，本人属菜鸟级别，不胜感激！再就是加氢后，如何在Xcif制成的txt文件中列出氢键表？我所有的都点yes，结果氢键表是空白。先谢谢了。
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大家好。
1楼 2008-06-25 10:50:59
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xnyl

银虫 (正式写手)
可以先固定两个方向，然后在加两个氢。再根据情况选择有没有氢键生成之类的
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2楼2008-06-25 13:24:32
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by xnyl at 2008-6-25 13:24:
可以先固定两个方向，然后在加两个氢。再根据情况选择有没有氢键生成之类的

恩 可以根据氢键的形成考虑自己加
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3楼2008-06-25 13:25:14
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phoenix682

铜虫 (初入文坛)
扩大Q峰的个数，看氧原子的配位环境，根据键长键角判断那个Q峰应该是H，然后在精修前在INS文件中将氢固定，精修即可。
氢键要到LIST文件中去找，然后自制氢键表。
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4楼2008-06-25 15:19:32
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phoenix682

铜虫 (初入文坛)
扩大Q峰的个数，看氧原子的配位环境，根据键长键角判断那个Q峰应该是H，然后在精修前在INS文件中将氢固定，精修即可。
氢键要到LIST文件中去找，然后自制氢键表。
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5楼2008-06-25 15:20:03
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flyingship

至尊木虫 (小有名气)
楼上的，怎么
那个Q峰应该是H！！！！
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6楼2008-06-26 06:38:38
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paopaomeng

铁杆木虫 (著名写手)
看着键角合适的定上两个情，再固定：
dfix 0.85 0.02 ow hw1 ow hw2
dfix 1.35 0.02 hw1 hw2
精修后,再将hw1和hw2拷到ow下，用afix 3, afix 0固定，然后将Ueq改为-1.50000
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经历了“删除门”，有点晕！
7楼2008-06-26 07:56:31
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