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蓝月静天

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因序列 已有2人参与

请大家帮帮忙:我在NCBI上查询基因的序列,一个基因会有很多结果,但是对这些结果的序列进行比对,同源性很差,是什么原因?
例如查询草鱼hsp90的基因序列,有三个结果,但我用BioEdit序列比对差别很多,是什么情况?应该以哪个序列为准?

基因序列
hsp90.PNG


基因序列-1
序列比对.PNG
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lomis

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
蓝月静天: 金币+3 2015-03-24 21:23:14
难道你没发现另外两个都是partial cds?
complete cds里点进去   105..2501 不就是一个完整的序列?
没有命运,只有选择!
2楼2015-03-23 13:49:36
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蓝月静天

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lomis at 2015-03-23 13:49:36
难道你没发现另外两个都是partial cds?
complete cds里点进去   105..2501 不就是一个完整的序列?

我看到了,partial cds、complete cds。我困惑的是,把partial cds单个和complete cds序列比对的时候,碱基差很多。
3楼2015-03-24 09:14:55
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lomis

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝月静天 at 2015-03-24 09:14:55
我看到了,partial cds、complete cds。我困惑的是,把partial cds单个和complete cds序列比对的时候,碱基差很多。...

是差很多,由于都是unpublished,我们可以通过title来看,另外两个可能是克隆的其他来源的序列,然后在GC里异源表达。最后一个是明确的,直接用应该没问题的。
没有命运,只有选择!
4楼2015-03-24 16:50:24
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
蓝月静天: 金币+2 2015-03-24 21:23:27
经常遇到这样的情况,在NCBI上要想得到卫衣的结果,最好是用登录号查询,如果你已知基因的名称和物种,建议在Uniport上查,较准确
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
5楼2015-03-24 17:23:28
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蓝月静天

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lomis at 2015-03-24 16:50:24
是差很多,由于都是unpublished,我们可以通过title来看,另外两个可能是克隆的其他来源的序列,然后在GC里异源表达。最后一个是明确的,直接用应该没问题的。...

十分感谢!
6楼2015-03-24 21:22:34
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蓝月静天

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 18761615793 at 2015-03-24 17:23:28
经常遇到这样的情况,在NCBI上要想得到卫衣的结果,最好是用登录号查询,如果你已知基因的名称和物种,建议在Uniport上查,较准确

亲,我是想克隆,所以只能通过比对同源序列来找保守区。我想找chip这个基因,在水产上的,斑马鱼上的,没有找到。
7楼2015-03-24 21:25:58
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

引用回帖:
7楼: Originally posted by 蓝月静天 at 2015-03-24 21:25:58
亲,我是想克隆,所以只能通过比对同源序列来找保守区。我想找chip这个基因,在水产上的,斑马鱼上的,没有找到。...

好的
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
8楼2015-03-25 08:34:25
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