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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 基因序列
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蓝月静天

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因序列 已有2人参与

请大家帮帮忙：我在NCBI上查询基因的序列，一个基因会有很多结果，但是对这些结果的序列进行比对，同源性很差，是什么原因？
例如查询草鱼hsp90的基因序列，有三个结果，但我用BioEdit序列比对差别很多，是什么情况？应该以哪个序列为准？

基因序列
hsp90.PNG


基因序列-1
序列比对.PNG
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1楼 2015-03-23 10:52:25
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lomis

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
蓝月静天: 金币+3 2015-03-24 21:23:14
难道你没发现另外两个都是partial cds?
complete cds里点进去   105..2501 不就是一个完整的序列？
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没有命运，只有选择！
2楼2015-03-23 13:49:36
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蓝月静天

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lomis at 2015-03-23 13:49:36
难道你没发现另外两个都是partial cds?
complete cds里点进去   105..2501 不就是一个完整的序列？

我看到了，partial cds、complete cds。我困惑的是，把partial cds单个和complete cds序列比对的时候，碱基差很多。
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3楼2015-03-24 09:14:55
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lomis

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝月静天 at 2015-03-24 09:14:55
我看到了，partial cds、complete cds。我困惑的是，把partial cds单个和complete cds序列比对的时候，碱基差很多。...

是差很多，由于都是unpublished，我们可以通过title来看，另外两个可能是克隆的其他来源的序列，然后在GC里异源表达。最后一个是明确的，直接用应该没问题的。
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没有命运，只有选择！
4楼2015-03-24 16:50:24
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
蓝月静天: 金币+2 2015-03-24 21:23:27
经常遇到这样的情况，在NCBI上要想得到卫衣的结果，最好是用登录号查询，如果你已知基因的名称和物种，建议在Uniport上查，较准确
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todayisdifficult，tomorrowismoredifficult，butthedayaftertomorrowisbeautiful
5楼2015-03-24 17:23:28
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蓝月静天

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lomis at 2015-03-24 16:50:24
是差很多，由于都是unpublished，我们可以通过title来看，另外两个可能是克隆的其他来源的序列，然后在GC里异源表达。最后一个是明确的，直接用应该没问题的。...

十分感谢！
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6楼2015-03-24 21:22:34
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蓝月静天

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 18761615793 at 2015-03-24 17:23:28
经常遇到这样的情况，在NCBI上要想得到卫衣的结果，最好是用登录号查询，如果你已知基因的名称和物种，建议在Uniport上查，较准确

亲，我是想克隆，所以只能通过比对同源序列来找保守区。我想找chip这个基因，在水产上的，斑马鱼上的，没有找到。
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7楼2015-03-24 21:25:58
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫
引用回帖:
7楼: Originally posted by 蓝月静天 at 2015-03-24 21:25:58
亲，我是想克隆，所以只能通过比对同源序列来找保守区。我想找chip这个基因，在水产上的，斑马鱼上的，没有找到。...

好的
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todayisdifficult，tomorrowismoredifficult，butthedayaftertomorrowisbeautiful
8楼2015-03-25 08:34:25
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