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核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析方面的问题
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本人在做 ARDRA（核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析），然后算相似性系数，划分OTU，聚类，测序。目前酶切已做完，进一步的分析有些问题弄不清楚，向大家求教。 1.酶切完之后要算各个之间样品的相似系数，样品很多，有12个样品，每个样品挑了了100个斑来切，是不是要先做成0－1矩阵，再用软件来算？0－1矩阵具体怎么弄，然后用什么软件来计算呢 2。准备把相似性大于97％的分为一个OTU，有1000多个酶切的，算完相似性系数后，可不可以用软件来自动划分OTU，具体怎么弄呢 3. 聚类分析准备用MVSP，采用非加权配对算数平均法， similarity or distance该选哪一种呢 |
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