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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Bankit提交序列中结构分析问题
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xxw812

铁虫 (初入文坛)

[求助] Bankit提交序列中结构分析问题 已有1人参与

我是从事微生物鉴定专业，每次鉴定新的病原菌我都会根据其保守序列进行PCR扩增，并对PCR产物进行测序，由于直接用PCR产物测序，不进行载体连接，所以测到的序列不完整，但我需要在Genebank上提交序列，获得该序列的登录号，由于序列提交过程中需要进行“feature"的分析，之前提交时可以越过该环节，但是现在要求必须提供序列结构分析，我想咨询大家有没有合适的分析软件，或者可以帮我看一下怎么样在不进行结构分析的情况下获得序列登录号，谢谢大家。
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1楼 2015-03-20 22:28:20
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20dy14

铜虫 (初入文坛)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-09-17 06:44:41
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-03-21 20:36:42
1.双向测序可以解决你测序结果中的前段错误。
2.结构特征注释没有你想象的难，做个在线blast就可以，注释清楚了别人用着也方便。

请问如何结构特征注释可以用blast做吗？怎么做？
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4楼2016-09-16 20:12:38
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-03-27 11:35:52
1.双向测序可以解决你测序结果中的前段错误。
2.结构特征注释没有你想象的难，做个在线blast就可以，注释清楚了别人用着也方便。
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2楼2015-03-21 20:36:42
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xxw812

铁虫 (初入文坛)
谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2015-03-26 21:14:19
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 20dy14 at 2016-09-16 20:12:38
请问如何结构特征注释可以用blast做吗？怎么做？...

就是用blast做，blast后，根据别人的注释结果将序列特征信息对应到自己的序列中。你具体是什么序列？
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5楼2016-09-17 11:26:11
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