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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白/酶 » 求问，蛋白质和小分子结合，应该从哪些角度解释它们的结合强度不一样
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空的天

新虫 (正式写手)

[求助] 求问，蛋白质和小分子结合，应该从哪些角度解释它们的结合强度不一样 已有2人参与

我是分析化学专业的，对于蛋白质不太了解。。
求问。。。蛋白A和B，是同一种蛋白的不同基因变体。只有两个氨基酸是不一样的，其他氨基酸完全相同。
它们分别和小分子C结合，通过算结合常数，B比A结合的强一些。但是，怎么解释呢？这个小分子结合在蛋白质外表面（没有进入内部疏水空腔）
能不能说因为这两个位点的氨基酸的大小，B比A小，所以可以结合？我导师说不能，说这个没有多大影响。
能不能autodock后，说因为B和C形成的氢键长度，比A和C形成的氢键长度小，所以B的氢键强一些，所以结合的好一些
这小分子C是一种酸，有COOH，还有很多F。。那么能不能从这些官能团和氨基酸结合的基团来说？

求解释。。。。
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1楼 2015-03-18 16:26:08
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空的天

新虫 (正式写手)
求助
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2楼2015-03-18 21:06:47
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
以后也要做这些相关的实验，感觉好难的样子
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踏实
3楼2015-03-20 15:24:26
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空的天

新虫 (正式写手)
up
4楼2015-03-20 21:29:20
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

1:没有进入疏水的空腔，肯定是你的box参数设置不合理，可以重新调整盒子，然后对接
2：结合强度可以通过对接能量，Ki值来分析
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5楼2015-03-23 20:28:09
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空的天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pymol at 2015-03-23 20:28:09
1:没有进入疏水的空腔，肯定是你的box参数设置不合理，可以重新调整盒子，然后对接
2：结合强度可以通过对接能量，Ki值来分析

等于没说！！实验证明他的确没进入空腔好吧
做DOCKING只是个辅助
另外，对接能量KI也是大家都知道的。我的问题是怎么从蛋白质和小分子的结构和性质来分析。。
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6楼2015-03-24 08:28:47
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