| 查看: 3315 | 回复: 9 | |||||
| 【奖励】 本帖被评价5次，作者cumt-ning增加金币 4 个 | |||||
[资源]
CHARMM立场中对包含非标准残基HYP的蛋白质的模拟的拓扑文件和力场文件的修改方法
|
|||||
|
我自己在准备Collagen+A3 复合物的模拟系统时，发现无法正常生成 psf 文件。查找原因发现胶原含有非标准残基 HYP[2],于是去官网教程找来《TOPOLOGY FILE TUTORIAL》[1]寻找解决办法，发现其中专门提到该残基，并且最后的结论是如果想要对该残基进行模拟需要重新设置参数，也即需要通过量子化学计算重新定义新的原子类型和相关参数（As a result, we would have to re-parameterize this new amino acid if we wished to work with it. New atom types and parameters would be created from quantum chemistry calculations in order to properly model the new ring.） 问题的解决：http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2003-2004/1234.html 利用上述网址提供的两个文件，现在已经能够正常生成PSF文件，并顺利完成最小化，目前正在平衡的过程中。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : A3COLLAGEN复合物系统准备.pdf
- 附件 2 : par_all27_prot_lipid_hyp.inp
- 附件 3 : top_all27_prot_lipid_hyp.inp
2015-03-17 13:03:56, 90.49 K
2015-03-17 13:03:57, 261.13 K
2015-03-17 13:03:58, 206.78 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 量子化学资料 | NAMD |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
吓吓夏夏夏» 猜你喜欢
求调剂
已经有3人回复
-
265求调剂
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有6人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有12人回复
-
286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！
已经有3人回复
-
329求调剂
已经有5人回复
-
申请回稿延期一个月，编辑同意了。但系统上的时间没变，给编辑又写邮件了，没回复
已经有4人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有5人回复
-
一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂
已经有6人回复
-
081700化工学硕调剂
已经有3人回复
2楼2015-03-17 13:11:59
3楼2015-03-17 15:01:22
4楼2015-04-15 10:25:08
简单回复
2016-10-09 19:08
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2016-10-28 15:42
回复
顶一下，感谢分享！
宸雨沐沐7楼
2017-03-18 15:17
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2019-08-09 10:47
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
吓吓夏夏夏9楼
2019-08-20 17:31
回复
wjwang12310楼
2020-04-28 23:19
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
