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CHARMM立场中对包含非标准残基HYP的蛋白质的模拟的拓扑文件和力场文件的修改方法
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我自己在准备Collagen+A3 复合物的模拟系统时，发现无法正常生成 psf 文件。查找原因发现胶原含有非标准残基 HYP[2],于是去官网教程找来《TOPOLOGY FILE TUTORIAL》[1]寻找解决办法，发现其中专门提到该残基，并且最后的结论是如果想要对该残基进行模拟需要重新设置参数，也即需要通过量子化学计算重新定义新的原子类型和相关参数（As a result, we would have to re-parameterize this new amino acid if we wished to work with it. New atom types and parameters would be created from quantum chemistry calculations in order to properly model the new ring.） 问题的解决：http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2003-2004/1234.html 利用上述网址提供的两个文件，现在已经能够正常生成PSF文件，并顺利完成最小化，目前正在平衡的过程中。 |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : A3COLLAGEN复合物系统准备.pdf
- 附件 2 : par_all27_prot_lipid_hyp.inp
- 附件 3 : top_all27_prot_lipid_hyp.inp
2015-03-17 13:03:56, 90.49 K
2015-03-17 13:03:57, 261.13 K
2015-03-17 13:03:58, 206.78 K
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