| 查看: 1406 | 回复: 5 | ||
[求助]
初学者问Music做Monte Carlo模拟吸附时，写分子文件的几个问题
|
|
小虫，近期尝试用MUSIC做GCMC，之前都是用MS的Sorption模块做的，所有有很多本质的东西不是很明白。最近几天我编译了Music-4.0并运行了自带的几个例子，能够运行，于是开始照着以前ghcacj写的帖子写自己体系的输入文件，前面都还比较顺利，由于帖子里并没有对于如何获得某些参数作说明（菜鸟，请原谅），所以写到吸附剂（ZIF-8）分子文件时出现了疑惑，主要是后面的Connect_Info Bond Stretch 问题. 1、Connect_Info 中描述键长后的一列tol(0-1.0)是什么，怎样确定？ 2、如果体系中同一种键比如C-C键，但是有不用的化学环境（比如一个在苯环上，一个在烷烃上），是否需要一一标出？ 3、mol文件上面既然已经有了坐标，何必还要在下面描述键长，而且坐标确定的位置比键长描述会更准确 4、Bond_length中第三列（k(kcal/mol Ang^2)）是什么？是胡克定律里面的弹性系数吗？这种数据从哪里可以获得？ 希望各位大牛帮小虫解燃眉之急！谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
关于代码变化问题，想知道的进来
已经有14人回复
-
这样的filecode谁见过
已经有5人回复
-
国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率
已经有4人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
fileCode有新解读？
已经有16人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Handbook of Monte Carlo Methods 蒙托卡罗法手册
已经有159人回复
- kinetic monte carlo模拟的相关文献
已经有60人回复
- Monte carlo模拟
已经有5人回复
- Monte Carlo 模拟时图是用什么软件做的
已经有10人回复
- 【求助】求如何学习monte carlo仿真
已经有7人回复
- 【讨论】GCMC系综中化学势如何确定
已经有10人回复
- 【原创】分子模拟实例与挑战专题之二加速能量与力的计算
已经有28人回复
- 【讨论】大家对未来GPU在monte carlo中的应用持有什么样的态度(CUDA)？
已经有15人回复
- 【转帖】2维无外场Ising模型的Monte Carlo模拟的C++实现
已经有7人回复
- 【在线答疑】经典粒子体系的Monte Carlo 模拟之基础篇
已经有73人回复
2楼2015-04-30 17:52:05
sunny11223
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 8059.9
- 散金: 3903
- 红花: 11
- 帖子: 2684
- 在线: 298.4小时
- 虫号: 1149274
- 注册: 2010-11-17
- 专业: 胶体与界面化学
3楼2015-06-17 09:07:16
4楼2015-06-17 11:10:12
5楼2015-08-10 20:15:38
6楼2015-08-11 10:05:45
100