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初学者问Music做Monte Carlo模拟吸附时，写分子文件的几个问题
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小虫，近期尝试用MUSIC做GCMC，之前都是用MS的Sorption模块做的，所有有很多本质的东西不是很明白。最近几天我编译了Music-4.0并运行了自带的几个例子，能够运行，于是开始照着以前ghcacj写的帖子写自己体系的输入文件，前面都还比较顺利，由于帖子里并没有对于如何获得某些参数作说明（菜鸟，请原谅），所以写到吸附剂（ZIF-8）分子文件时出现了疑惑，主要是后面的Connect_Info Bond Stretch 问题. 1、Connect_Info 中描述键长后的一列tol(0-1.0)是什么，怎样确定？ 2、如果体系中同一种键比如C-C键，但是有不用的化学环境（比如一个在苯环上，一个在烷烃上），是否需要一一标出？ 3、mol文件上面既然已经有了坐标，何必还要在下面描述键长，而且坐标确定的位置比键长描述会更准确 4、Bond_length中第三列（k(kcal/mol Ang^2)）是什么？是胡克定律里面的弹性系数吗？这种数据从哪里可以获得？ 希望各位大牛帮小虫解燃眉之急！谢谢！ |
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2楼2015-04-30 17:52:05
sunny11223
铁杆木虫 (著名写手)
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