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tonylee33新虫 (初入文坛)
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隐式水溶液不能用NPT吗 已有1人参与
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做了个模拟，隐式水，加了个压强的coupling，用的是MTTK的方法。但是模拟跑出来的结果，盒子不停的缩小，最后体系就崩溃了。求高手给点意见？是不是说隐式水本身就不能用NPT模拟呢？ 先谢谢诸位。 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW ; Method for doing electrostatics coulombtype = cut-off rcoulomb-switch = 0.8 rcoulomb = 1.2 ; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field epsilon_r = 2 epsilon_rf = 0 ; Method for doing Van der Waals vdw-type = cut-off ; cut-off lengths rvdw-switch = 0.8 rvdw = 1.2 ; SIMULATED ANNEALING ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic) annealing = single ; Number of time points to use for specifying annealing in each group annealing-npoints = 4 ; List of times at the annealing points for each group annealing-time = 0 10 20 30 ; Temp. at each annealing point, for each group. annealing-temp = 10 100 200 300 ; Temperature coupling is on tcoupl = nose-hoover ; nose-hoover thermostat tc-grps = System ; coupling groups - more accurate tau_t = 5 ; time constant, in ps ref_t = 300 ; reference temperature, one for each group, in K pcoupl = MTTK ; Pressure coupling on in NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 5 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 refcoord_scaling = com ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme |
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