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gn02530640银虫 (小有名气)
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NAMD - 如何正確定義 & 計算未知有機分子的電荷? 已有2人参与
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各位虫友好，小弟目前正在用 NAMD 做关于 tetraphenylethylene 这个分子的模拟研究，但模拟结果一直不是很好，也由于某些原因所以暂时不考虑更换力场或者是软件。目前个人猜想是top文件中关于 tetraphenylethylene 的bond、angle、charge 等信息定义不够正确，因此想请问各位虫友一般在定义未知分子的结构信息时各位都是怎么做的? 我目前知道的方法有以下几种： (1) SwissParam 和 Paramchem cgenff atom typing 这两个网站能够直接给出 NAMD 所需要的 top 文件，尤其是 SwissParam 提供的档案非常完整。不过 SwissParam 的电荷和二面角是基于 Merck Molecular ForceField 所计算出来的，而 NAMD 则是 Charmm 力场，所以可能不太适合? (2) 用 Gaussian 计算 计算本身没什么问题，但我想问如果我用 Gaussian 来为 tetraphenylethylene做结构优化 & 计算电荷，那么在模拟时所要添加的溶剂(ex:水，丙酮…)的top文件是不是也要改用 Gaussian 计算的结果，而不能用原本 NAMD 已经给定的 top 文件? (3) 用 VMD 的 Force Field Toolkit Plugin 来计算 目前还在学，还不知道性能如何。 以上，感谢各位。 |
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