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sunday1234

新虫 (小有名气)

[交流] 求助,110bp左右长的双链DNA用什么方法获得,序列中有重复。 已有4人参与

想获得一段长110bp左右的双链DNA,序列为5‘-CTTTGGTCTCACCAAAACGTTAAATCCGAAACAGAGTCGTTTTAGAGCTATGCTGTTTTGAATGGTCCCAAAACTTAATCTTAGAACCTTCTGTGTTTTAGAGAGAGACCTTTC-3’,在公司里合成了该双链DNA,但由于连在载体上,需通过酶切回收得到,由于回收困难。所以想通过PCR扩增设计了引物正向:CTTTGGTCTCACCAAAAC反向:gaaaggtctctctctaaac,扩增后不加模板DNA,与加模板DNA都能扩出110bp左右的条带。想请教大家还有什么办法可以直接得到这个长110bp左右的双链DNA。
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781055707

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-07 23:05:13
巢式PCR,在质粒上先设计一段400BP的目片段,再用400P出110。
采菊东篱下,悠然见南山。
4楼2015-03-04 10:22:25
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
PCR扩不出来就把质粒转到细菌里然后提质粒做酶切吧。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2015-03-03 20:25:04
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一砖头飘死

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-03-07 23:04:51
首先跟你说下我自己做实验中遇到这样的问题的做法,有可能不完整,可以借鉴。

我的方法是这样的:
①首先设计一条完整的110bp的寡核苷酸单链,当做引物合成,这个可以让个引物合成公司完成,Primer1
②设计一段长约20bp的,和110bp寡核苷酸 3端完全互补的一段引物,Primer2
③加入Primer1 and Primer2 94度 5min ,冰上急冷(退火,让两条链结合上去)
③利用 Klenow Fragment DNA聚合酶,就有5到3端的聚合作用(补平粘性末端,形成完整的平末端)
④如果加入了酶切位点可以酶切后,用爱思进的PCR纯化试剂盒回收,记得加一个体积的异丙醇。

希望能帮到你………………
3楼2015-03-04 08:55:43
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sunday1234

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 一砖头飘死 at 2015-03-04 08:55:43
首先跟你说下我自己做实验中遇到这样的问题的做法,有可能不完整,可以借鉴。

我的方法是这样的:
①首先设计一条完整的110bp的寡核苷酸单链,当做引物合成,这个可以让个引物合成公司完成,Primer1
②设计一段 ...

谢谢,这个办法挺好的,后期的实验中我们需要很多不同的110bp的序列每次都合成110bp的单链成本有点高,因为,不同的序列的不同之处在于整个序列有40bp碱基不同,需变更的地方用括号标注出。5‘-CTTTGGTCTCACCAAAAC(GTTAAATCCGAAACAGAGTC)GTTTTAGAGCTATGCTGTTTTGAATGGTCCCAAAAC(TTAATCTTAGAACCTTCTGT)GTTTTAGAGAGAGACCTTTC-3’,请问您有什么好的办法可以降低成本获得不同的110bp的片段吗
5楼2015-03-19 14:47:31
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