24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 775  |  回复: 5
当前主题已经存档。

zhlrui

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】【已解决】gromacs中计算两分子之间的距离变化的问题

在计算gromacs过程中,我算完后处理想知道两个残基之间的距离如何变化,但是输入g_dist命令后,提示我没有index文件!如何生成这个文件啊,请高手指点迷津!谢了啊
确实是先用make_ndx命令生成indexfile,然后用g_dist命令,真的感谢大家感谢小木虫!
[search]gromacs[/search]

[ Last edited by zhlrui on 2008-6-19 at 09:48 ]
回复此楼
为了理想而奋斗
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linxi1454

银虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
gromacs的问题建议去厦大论坛或者分子模拟论坛问,我不懂gromacs,我是用mmtw的
2楼2008-06-15 19:17:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hqhe

木虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
很久没有用过了
记得好像是要先把你需要计算的两个残基分别生成一个文件,用make_ndx命令,然后才能计算它们之间的距离,希望我没有记错
3楼2008-06-16 14:52:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weishenme

金虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
没用过,可能是这样的形式:
[ residue1 ]
残基1的原子序号
[ residue2 ]
残基2的原子序号
原子序号间以空格隔开,写成文本文件。
你试试看。
4楼2008-06-17 11:09:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panda_wendao

金虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
make_ndx,选择需要计算的group,比如r 1就是第一个残基,保存退出就得到要得index文件。
5楼2008-06-17 11:17:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhlrui

银虫 (小有名气)

谢谢了,我试试去!
为了理想而奋斗
6楼2008-06-17 21:33:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhlrui 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085500求调剂材料 +7 易11122 2026-04-09 7/350 2026-04-09 21:50 by JineShine
[考研] 0703化学 +31 妮妮ninicgb 2026-04-04 35/1750 2026-04-09 21:06 by zhouxiaoyu
[考研] 一志愿东北大学控制工程085406数二英二385,求调剂 +4 Ezra_Zhang 2026-04-09 4/200 2026-04-09 20:59 by boxking200
[考研] 278求调剂 +27 范婷娜 2026-04-07 31/1550 2026-04-09 20:49 by zhouxiaoyu
[考研] 337求调剂 +4 Gky09300550, 2026-04-09 4/200 2026-04-09 17:18 by 帕尔马拉特
[考研] 一志愿华东师范生物学326分,求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-09 3/150 2026-04-09 16:20 by zhuimr
[考研] 265求调剂 +4 风说她早忘了 2026-04-07 4/200 2026-04-09 13:59 by only周
[考研] 求调剂 +15 熊二想上岸 2026-04-04 15/750 2026-04-08 22:52 by 猪会飞
[考研] 293分求调剂,外语为俄语 +7 加一一九 2026-04-07 10/500 2026-04-08 20:14 by yutian743
[考研] 生物与医药273求调剂 +17 荔题南墙 2026-04-05 18/900 2026-04-08 19:12 by 我减肥1
[考研] 263分B区求调剂 +6 李nihao 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:38 by 南开小綦
[考研] 求调剂 +11 wwwwabcde 2026-04-07 11/550 2026-04-07 23:16 by JourneyLucky
[考研] 农学,求调剂,314分 +4 访客记录可爱 2026-04-04 4/200 2026-04-07 21:07 by 等岸
[考研] 信工所11408 340分 本科西安交大自动化 +3 moontrek 2026-04-06 3/150 2026-04-07 09:56 by chongya
[考研] 求调剂 +5 小沢 2026-04-03 5/250 2026-04-06 22:45 by 875465
[考研] 考研调剂 +5 美丽的youth_ 2026-04-04 6/300 2026-04-06 06:57 by houyaoxu
[考研] 348求调剂 +6 wukira 2026-04-04 6/300 2026-04-05 18:11 by 猪会飞
[考研] 320求调剂 +3 一样圆 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:29 by 啵啵啵0119
[考研] 359求调剂 +7 hhhhaaaa$ 2026-04-04 7/350 2026-04-04 18:49 by imissbao
[考研] 278求调剂 +6 Yy7400 2026-04-03 6/300 2026-04-04 09:53 by zhangdingwa
信息提示
请填处理意见