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zhlrui

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】【已解决】gromacs中计算两分子之间的距离变化的问题

在计算gromacs过程中,我算完后处理想知道两个残基之间的距离如何变化,但是输入g_dist命令后,提示我没有index文件!如何生成这个文件啊,请高手指点迷津!谢了啊
确实是先用make_ndx命令生成indexfile,然后用g_dist命令,真的感谢大家感谢小木虫!
[search]gromacs[/search]

[ Last edited by zhlrui on 2008-6-19 at 09:48 ]
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为了理想而奋斗
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hqhe

木虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
很久没有用过了
记得好像是要先把你需要计算的两个残基分别生成一个文件,用make_ndx命令,然后才能计算它们之间的距离,希望我没有记错
3楼2008-06-16 14:52:06
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查看全部 6 个回答

linxi1454

银虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
gromacs的问题建议去厦大论坛或者分子模拟论坛问,我不懂gromacs,我是用mmtw的
2楼2008-06-15 19:17:19
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weishenme

金虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
没用过,可能是这样的形式:
[ residue1 ]
残基1的原子序号
[ residue2 ]
残基2的原子序号
原子序号间以空格隔开,写成文本文件。
你试试看。
4楼2008-06-17 11:09:45
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panda_wendao

金虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
make_ndx,选择需要计算的group,比如r 1就是第一个残基,保存退出就得到要得index文件。
5楼2008-06-17 11:17:47
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