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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【讨论】【已解决】gromacs中计算两分子之间的距离变化的问题
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zhlrui

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】【已解决】gromacs中计算两分子之间的距离变化的问题

在计算gromacs过程中，我算完后处理想知道两个残基之间的距离如何变化，但是输入g_dist命令后，提示我没有index文件！如何生成这个文件啊，请高手指点迷津！谢了啊
确实是先用make_ndx命令生成indexfile，然后用g_dist命令，真的感谢大家感谢小木虫！
[search]gromacs[/search]

[ Last edited by zhlrui on 2008-6-19 at 09:48 ]
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1楼 2008-06-15 17:45:34
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hqhe

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
很久没有用过了
记得好像是要先把你需要计算的两个残基分别生成一个文件，用make_ndx命令，然后才能计算它们之间的距离，希望我没有记错
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3楼2008-06-16 14:52:06
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linxi1454

银虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
gromacs的问题建议去厦大论坛或者分子模拟论坛问，我不懂gromacs，我是用mmtw的
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2楼2008-06-15 19:17:19
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weishenme

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
没用过，可能是这样的形式：
[ residue1 ]
残基1的原子序号
[ residue2 ]
残基2的原子序号
原子序号间以空格隔开，写成文本文件。
你试试看。
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4楼2008-06-17 11:09:45
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panda_wendao

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
make_ndx，选择需要计算的group，比如r 1就是第一个残基，保存退出就得到要得index文件。
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5楼2008-06-17 11:17:47
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