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libugou

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问如何用ADT生成受体的flexible residue file!

在UsingAutoDock4WithADT_1.4.5b.pdf中,使用的例子是一个蛋白质,
Flexible Residues ➞ Choose Tor sions in Currently
Selected Residues…
在ADT中会自动用不同的颜色标识rotatable bond, unrotatable bond和non-rotatable bond.

我的受体不是一个蛋白质,分子量较小,1000左右,所以我选择整个分子,再
Flexible Residues ➞ Choose Tor sions in Currently
Selected Residues…
结果在ADT中出现一个对话框:

CAUTION:currentlu processing all the residues in rececptor will be very time consuming. Do you wish to continue?

我选择Yes。接着又出现一个对话框:

Select Root Atom......

我选择了其中的一个碳原子,然后点击ok, 接着又出现一个警示框:

Warning: Current selected residues have no active torsion!

敬请版主和各路高人指点迷津!!!

[ Last edited by zzgyb on 2008-6-17 at 09:16 ]
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
我也同意楼上的意见,这个体系用动力学模拟比较好。但是首先要先把氨基酸定位到环糊精中。现在的对接软件和动力学方法大多是基于蛋白的力场,mmff94力场应该可以适用于你的主客体。先想办法把氨基酸插到环糊精中,这个恐怕一开始只能手动来了。你的体系模拟结果可能会受初始起点作用方式的影响,所以要多试几次。动力学的软件吗,我想sybyl大概就足够了,支持mmff94。
8楼2008-06-17 19:11:37
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,化学区正在举办十大“耐思”版主评选,http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527,欢迎你去投票支持计模版版主!
1000个已经超级大了……autodock4提供的柔性对接一般只用来处理活性位点处的数个残基
2楼2008-06-15 18:53:32
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libugou

金虫 (正式写手)

谢谢LZ

如果Autodock 4 只用来处理活性位点处的数个残基的话,那它离真正的主客体柔性对接还有相当远的距离。
3楼2008-06-16 09:18:59
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weishenme

金虫 (小有名气)

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zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,化学区正在举办十大“耐思”版主评选,http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527,欢迎你去投票支持计模版版主!
引用回帖:
Originally posted by libugou at 2008-6-16 09:18:
谢谢LZ

如果Autodock 4 只用来处理活性位点处的数个残基的话,那它离真正的主客体柔性对接还有相当远的距离。

如果考虑整个受体的柔性,那计算量是不是太大了?一般的蛋白可不象你的体系这么小啊。
你的受体只有1000左右,是不是可以考虑用分子动力学做,如果有合适的力场的话。
4楼2008-06-16 12:17:27
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