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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】请问如何用ADT生成受体的flexible residue file！
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libugou

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问如何用ADT生成受体的flexible residue file！

在UsingAutoDock4WithADT_1.4.5b.pdf中,使用的例子是一个蛋白质，
Flexible Residues ➞ Choose Tor sions in Currently
Selected Residues…
在ADT中会自动用不同的颜色标识rotatable bond, unrotatable bond和non-rotatable bond.

我的受体不是一个蛋白质，分子量较小，1000左右，所以我选择整个分子，再
Flexible Residues ➞ Choose Tor sions in Currently
Selected Residues…
结果在ADT中出现一个对话框：

CAUTION:currentlu processing all the residues in rececptor will be very time consuming. Do you wish to continue?

我选择Yes。接着又出现一个对话框：

Select Root Atom......

我选择了其中的一个碳原子，然后点击ok, 接着又出现一个警示框：

Warning: Current selected residues have no active torsion!

敬请版主和各路高人指点迷津！！！

[ Last edited by zzgyb on 2008-6-17 at 09:16 ]
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1楼 2008-06-14 23:50:23
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
1000个已经超级大了……autodock4提供的柔性对接一般只用来处理活性位点处的数个残基
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2楼2008-06-15 18:53:32
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libugou

金虫 (正式写手)
谢谢LZ

如果Autodock 4 只用来处理活性位点处的数个残基的话，那它离真正的主客体柔性对接还有相当远的距离。
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3楼2008-06-16 09:18:59
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weishenme

金虫 (小有名气)
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zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
引用回帖:
Originally posted by libugou at 2008-6-16 09:18:
谢谢LZ

如果Autodock 4 只用来处理活性位点处的数个残基的话，那它离真正的主客体柔性对接还有相当远的距离。

如果考虑整个受体的柔性，那计算量是不是太大了？一般的蛋白可不象你的体系这么小啊。
你的受体只有1000左右，是不是可以考虑用分子动力学做，如果有合适的力场的话。
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4楼2008-06-16 12:17:27
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
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zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
现在的柔性对接从技术上不可能对那么大的体系做柔性处理啊。可以做分子动力学，但是关键是你要有一个合理的集合构象。
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5楼2008-06-16 18:31:57
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libugou

金虫 (正式写手)
4楼和5楼的楼主,

我的主体分子是一个类似环糊精大小的分子,客体分子是一般的氨基酸,两位楼主能不能在使用分子动力学处理这种对接上，给予一些具体的建议。

感激不尽！
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6楼2008-06-16 21:20:44
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weishenme

金虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by libugou at 2008-6-16 21:20:
4楼和5楼的楼主,

我的主体分子是一个类似环糊精大小的分子,客体分子是一般的氨基酸,两位楼主能不能在使用分子动力学处理这种对接上，给予一些具体的建议。

感激不尽！

兄弟，lz是你自己啊。
建议你先看一下分子动力学模拟的资料。
你这个体系应该是可以模拟的，关键是看你是否能够找到或者构建合理的力场和初始构象。
你是想看氨基酸能否插到这个类似于环糊精的分子中形成超分子吗？
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7楼2008-06-17 10:33:14
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
我也同意楼上的意见，这个体系用动力学模拟比较好。但是首先要先把氨基酸定位到环糊精中。现在的对接软件和动力学方法大多是基于蛋白的力场，mmff94力场应该可以适用于你的主客体。先想办法把氨基酸插到环糊精中，这个恐怕一开始只能手动来了。你的体系模拟结果可能会受初始起点作用方式的影响，所以要多试几次。动力学的软件吗，我想sybyl大概就足够了，支持mmff94。
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8楼2008-06-17 19:11:37
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libugou

金虫 (正式写手)
谢谢6楼，7楼的指点！
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9楼2008-06-18 22:06:21
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