应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » [求助]关于处理金属蛋白酶（MMPs）ACE中的Zn
51/1返回列表
查看: 509  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] [求助]关于处理金属蛋白酶（MMPs）ACE中的Zn


我最近在做ACE，可是由于他是一个金属蛋白酶，里边的zn离子在PDB文件中是与受体上的三个原子和配体上的一个原子键合在一起的，我为了unmerge配体依那普利，强行将其与zn原子那根键断开了，但是这样导致zn原子的化合价就不饱和了，在赋力场电荷时怎么也通不过，请问我应该如何处理这个zn呢？
还有这个zn与受体三个原子的键合中，有一根键是与羧基中的羰基氧成的键，实际上他们是一种配位键的关系，而在PDB文件中却将他们表示成了一根单键，导致赋力场电荷也通不过，总说这个氧化合价错误，应该怎么弄？
敬请指教！
回复此楼

» 猜你喜欢
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2008-06-13 09:10:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
有没有哪位大虾指点一下啊，谢谢了！
怎么处理金属酶，如何用autodock给zn赋原子类型？
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-06-13 22:29:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

weishenme

金虫 (小有名气)
lz想做什么啊？
电荷应该可以自己手动修改啊。
pdb文件是怎么表示键的类型啊？我感觉pdb文件主要就是坐标以及一些原子间的连接关系。
赞一下 回复此楼
2楼2008-06-13 10:56:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
我是想用insightII中的affinity，可是要做能量优化的话，就必须先赋电荷，可是那个zn 在那的话根本就总是个错误，无法赋力场电荷，因为我把配体的键从zn上解离下来了，就是说这样怎么处理这个zn啊？在我的insightII中，cvff力场
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-06-13 11:54:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weishenme

金虫 (小有名气)
autodock你把pdbqt文件用文本处理器打开，把ZN的电荷手动修改一下就行了。
赞一下 回复此楼
5楼2008-06-14 09:43:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 3/150 2026-09-15 05:49 by 5BDX0d0WFp7t
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-15 05:34 by 5BDX0d0WFp7t
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 3/150 2026-09-15 05:26 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 05:22 by 5BDX0d0WFp7t
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:13 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:01 by mibUvS8DDCwf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 01:21 by mibUvS8DDCwf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:25 by mibUvS8DDCwf
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:21 by mibUvS8DDCwf
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:12 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:21 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:09 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:25 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:24 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:36 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +4 两三岁ss 2026-09-14 4/200 2026-09-14 20:29 by 班主任的同桌
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭