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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] [求助]关于处理金属蛋白酶(MMPs)ACE中的Zn


我最近在做ACE,可是由于他是一个金属蛋白酶,里边的zn离子在PDB文件中是与受体上的三个原子和配体上的一个原子键合在一起的,我为了unmerge配体依那普利,强行将其与zn原子那根键断开了,但是这样导致zn原子的化合价就不饱和了,在赋力场电荷时怎么也通不过,请问我应该如何处理这个zn呢?
还有这个zn与受体三个原子的键合中,有一根键是与羧基中的羰基氧成的键,实际上他们是一种配位键的关系,而在PDB文件中却将他们表示成了一根单键,导致赋力场电荷也通不过,总说这个氧化合价错误,应该怎么弄?
敬请指教!
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weishenme

金虫 (小有名气)

lz想做什么啊?
电荷应该可以自己手动修改啊。
pdb文件是怎么表示键的类型啊?我感觉pdb文件主要就是坐标以及一些原子间的连接关系。
2楼2008-06-13 10:56:20
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

我是想用insightII中的affinity,可是要做能量优化的话,就必须先赋电荷,可是那个zn 在那的话根本就总是个错误,无法赋力场电荷,因为我把配体的键从zn上解离下来了,就是说这样怎么处理这个zn啊?在我的insightII中,cvff力场
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3楼2008-06-13 11:54:23
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

有没有哪位大虾指点一下啊,谢谢了!
怎么处理金属酶,如何用autodock给zn赋原子类型?
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-06-13 22:29:42
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weishenme

金虫 (小有名气)

autodock你把pdbqt文件用文本处理器打开,把ZN的电荷手动修改一下就行了。
5楼2008-06-14 09:43:49
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