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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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[交流]
[求助]关于处理金属蛋白酶（MMPs）ACE中的Zn
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我最近在做ACE，可是由于他是一个金属蛋白酶，里边的zn离子在PDB文件中是与受体上的三个原子和配体上的一个原子键合在一起的，我为了unmerge配体依那普利，强行将其与zn原子那根键断开了，但是这样导致zn原子的化合价就不饱和了，在赋力场电荷时怎么也通不过，请问我应该如何处理这个zn呢？ 还有这个zn与受体三个原子的键合中，有一根键是与羧基中的羰基氧成的键，实际上他们是一种配位键的关系，而在PDB文件中却将他们表示成了一根单键，导致赋力场电荷也通不过，总说这个氧化合价错误，应该怎么弄？ 敬请指教！ |
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