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emily66

银虫 (正式写手)

[交流] [求助]新手请教:ONIOM方法和QM/MM是一回事吗?

在文献中看到对于一些大体系的计算可以采用ONIOM方法,又看到有些用QM/MM,ONIOM方法和QM/MM是一回事吗?还想请教怎么做QM/MM呀?
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lxmn

木虫 (小有名气)


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引用回帖:
Originally posted by emily66 at 2008-6-12 05:38:
在文献中看到对于一些大体系的计算可以采用ONIOM方法,又看到有些用QM/MM,ONIOM方法和QM/MM是一回事吗?还想请教怎么做QM/MM呀?

ONIOM方法是分层计算的方法,就是可以对你研究的体系分成几部分,分别采取不同的方法和机组。以提高计算速度,也保证计算精度。QM是量子力学方法,MM是分子力学的方法,概念性的区别。ONIOM方法和后两种不属于同一个分界原则,故都可以使用。明白了概念,我想你就知道怎么做了
4楼2008-06-12 19:39:09
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sunmuer

木虫 (小有名气)

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zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与,化学区正在举办十大“耐思”版主评选,http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527,欢迎你去投票支持计模版版主!
ONIOM是取几个关键氨基酸与小分子的量子化学计算,而qm/mm是同时计算关键氨基酸与小分子(量子化学方法)和 用分子力学方法计算除去量子化学方法计算的那部分的方法。
目前做qm/mm方法比较出色的是张颖凯(纽约大学),你可以去找点他的文献看看。
可以用的商业软件amber1.0。
出清水而不染
2楼2008-06-12 08:05:08
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,化学区正在举办十大“耐思”版主评选,http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527,欢迎你去投票支持计模版版主!
ONIOM既可以作QM/QM,也可以作QM/MM。
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
3楼2008-06-12 10:12:08
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emily66

银虫 (正式写手)

感谢各位的回答
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5楼2008-06-13 07:32:27
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