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emily66

银虫 (正式写手)

[交流] [求助]新手请教：ONIOM方法和QM/MM是一回事吗？

在文献中看到对于一些大体系的计算可以采用ONIOM方法，又看到有些用QM/MM，ONIOM方法和QM/MM是一回事吗？还想请教怎么做QM/MM呀？
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无论从事何种工作，都应当满怀激情与热爱
1楼 2008-06-12 05:38:35
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sunmuer

木虫 (小有名气)
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zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
ONIOM是取几个关键氨基酸与小分子的量子化学计算，而qm/mm是同时计算关键氨基酸与小分子（量子化学方法）和 用分子力学方法计算除去量子化学方法计算的那部分的方法。
目前做qm/mm方法比较出色的是张颖凯（纽约大学），你可以去找点他的文献看看。
可以用的商业软件amber1.0。
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出清水而不染
2楼2008-06-12 08:05:08
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
ONIOM既可以作QM/QM，也可以作QM/MM。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
3楼2008-06-12 10:12:08
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lxmn

木虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
引用回帖:
Originally posted by emily66 at 2008-6-12 05:38:
在文献中看到对于一些大体系的计算可以采用ONIOM方法，又看到有些用QM/MM，ONIOM方法和QM/MM是一回事吗？还想请教怎么做QM/MM呀？

ONIOM方法是分层计算的方法，就是可以对你研究的体系分成几部分，分别采取不同的方法和机组。以提高计算速度，也保证计算精度。QM是量子力学方法，MM是分子力学的方法，概念性的区别。ONIOM方法和后两种不属于同一个分界原则，故都可以使用。明白了概念，我想你就知道怎么做了
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4楼2008-06-12 19:39:09
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emily66

银虫 (正式写手)
感谢各位的回答
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无论从事何种工作，都应当满怀激情与热爱
5楼2008-06-13 07:32:27
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