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渭水飞熊

木虫 (小有名气)

[求助] antechamber 限制电荷问题 已有1人参与

在分子模拟中,需要建一个力场,在优化电荷的时候,使用ambertools里的antechamber进行resp电荷的拟合,这些都没问题;
问题是:参考文献中,在这个长的碳链中,除了首尾的位置外,其他的中间的-CH2-需要限制电荷相等,这样方便建力场,但在antechamber不怎么会使用,看说明书也晕晕乎乎的,不知道如何限制。
希望各位大牛能不吝指导,怎样使用antechamber或ambertools中的工具使得中间的相同的-CH2-的电荷限制成一样的!!
先谢谢啦!

antechamber 限制电荷问题
1.png
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盐是淡的,水是咸的
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tracel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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渭水飞熊: 金币+100, ★★★★★最佳答案 2015-02-05 21:02:59
将RESP电荷的INPUT2 中的电荷设置限制参数参考下例(乙烷):
0  6
6  0
1  0
1  2    2表示与第2行的氢原子电荷相同(下同)
1  2
6  1    1表示与第1行的碳原子电荷相同(下同)
1  2
1  2
1  2
2楼2015-02-05 20:21:23
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