[求助] 求MS TraPPE Force Field已有1人参与

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1楼2015-01-29 09:27:21

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楼主，你好！我最近也要在MS里面用到TraPPE，请问你最后将其用到程序计算中了吗？能否交流一下细节，还望不吝赐教，谢谢！

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9楼2015-11-27 10:29:03

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引用回帖:

4楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-29 14:54:16
http://www.chem.umn.edu/groups/siepmann/trappe/
这个是力场的网站，可以找到各种小分子的参数

以二氧化碳为例，势函数近似L-J形式，可以用L-J拟合出所需的参数，forcefield manager里将二氧化碳的L-J参数填进 ...

请问你的意思是不是说不用去下载TraPPE力场文件，而是找到计算所要用到的各种参数后，在MS中现存的三种力场之一中选择一个，譬如UFF进行修改（forcefield manager），然后应用修改后的力场文件进行优化等模拟操作？

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10楼2015-11-27 20:48:30

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引用回帖:

11楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-30 10:34:19
是的，MS不支持很多力场的格式文件，如果能将需要修改的力场参数用trappe替代，理论上来讲和直接用trappe效果一样
lammps好像支持的力场格式较多，也可以试试lammps...

开源的软件一般支持的力场类型多，主要我目前还没有用过lammps,如果这个力场的问题这样可以解决，我可以再问一个问题吗？TraPPE中关于正构烷烃的参数好像都是基于联合原子模型的（我不确定是不是，没用过TraPPE）,那我能在MS中实现联合原子模型吗？实验室师兄们没整过，如果可行，我就可以在基础上，应用自己修改好后的力场进行模拟了。我的流体模型中有C16，应用联合原子模型也能减小计算量。

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12楼2015-11-30 19:43:07

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引用回帖:

忘记说谢谢了！自学分子动力学，没有导师指导，谢谢你们这些前辈的指导呢

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13楼2015-11-30 19:46:09